[发明专利]绿海龟丙肝病毒全基因组序列及其检测方法

说明书

本发明提供了绿海龟丙肝病毒的全基因组序列及其检测方法，病毒全基因组序列全长为9430bp，GC含量为45％，此病毒基因组含有一个长的ORF，核苷酸位置在517‑9048，该ORF编码的前体多聚蛋白全长2843aa。绿海龟丙肝病毒全基因组序列、ORF序列及编码蛋白氨基酸序列如SEQ IDNO:1‑NO:3所示。根据病毒的全基因组序列设计出10对引物及1组引物探针分别用于普通RT‑PCR和荧光定量RT‑PCR检测，两种方法均具有较好的特异性和可靠的检测结果。本发明所提供的检测方法可为绿海龟丙肝病毒的深入研究及病害流行病学调研打下坚实的基础，也可规范绿海龟放生行为，改善海洋生态环境。

技术领域

本发明涉及分子生物工程技术领域，具体涉及一种绿海龟丙肝病毒的全基因组序列及其检测方法。

背景技术

绿海龟(Chelonia mydas)是海洋旗舰物种、伞护物种，一直以来被人们视为海洋生态系统的健康指示器。由于长期过度利用，绿海龟已成为濒危物种，被列为国家一级重点保护野生动物。而近几年，海南文昌、琼海等地的养殖点不断有绿海龟群体死亡现象发生，存活个体也会陆续发病死亡。病龟主要表现为厌食、精神萎靡、反应迟缓，经剖检发现病死绿海龟肝部出现了明显病变。目前尚无绿海龟感染丙肝病毒的病例报道，若该病继续传播蔓延，经由人类放生等行为传播至野生绿海龟种群，将给海洋生态安全带来极大威胁。

发明内容

本发明的第一目的在于提供一种绿海龟丙肝病毒的全基因组序列，以解决现目前对于绿海龟致死的丙肝病毒尚不明确的技术问题，从而达到保护海龟科动物，改善海洋生态的目的。

本发明的第二目的在于提供一种绿海龟丙肝病毒的检测方法，以解决目前难以检测该病毒的技术问题，从而起到对该绿海龟丙肝病毒进行提前预防的作用。

本发明提供了绿海龟丙肝病毒的全基因组序列，病毒全基因组序列全长为9430bp，GC含量为45％，此病毒基因组含有一个长的ORF，核苷酸位置在517-9048，该ORF编码的前体多聚蛋白全长2843aa。绿海龟丙肝病毒全基因组序列、ORF序列及编码蛋白氨基酸序列如SEQ ID NO:1-NO:3所示。

另一方面，本发明提供了一种用于扩增所述绿海龟丙肝病毒全基因组序列的10对引物及1组引物探针，分别用于普通RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测，其序列如下：

RT1269-1F：5’-GATCCGAGCGGCACCGTT-3’(SEQ ID NO:4)

RT1269-312R：5’-CAACTCGCCGTCCTCAGACTATT-3’(SEQ ID NO:5)

RT1269-15F：5’-CGTTCTAGAATGGGACAAATCGT-3’(SEQ ID NO:6)

RT1269-1240R：5’-CATCATCAAAAGCACCCATATACAT-3’(SEQ ID NO:7)

RT1269-1021F：5’-TTTTTAGAGCATATACCCCTGTCAAT-3’(SEQ ID NO:8)

RT1269-2223R：5’-AGAAGCAAGTTTAAGGGCACATAGT-3’(SEQ ID NO:9)

RT1269-1976F：5’-TGATTATAGCCCTCATGTTTATGTCAG-3’(SEQ ID NO:10)

RT1269-3184R：5’-GACATGAGCTATGAGCACACGTAAC-3’(SEQ ID NO:11)

RT1269-2986F：5’-GCTAATTGGACCCCTACGTCAC-3’(SEQ ID NO:12)