[发明专利]一种用于肺癌诊断的基因转录本组合及肺癌诊断装置

权利要求书

1.一种用于肺癌诊断的基因转录本组合，其特征在于，所述组合包括如下38个基因的转录本：ANKZF1、ALDH18A1、GYG2、MRM1、HN1L、NCKAP5、MYO7A、PHKA1、ANGPT4、CLK2、KDM5B、KIAA0907、LAMP3、SDPR、ATIC、FKBP11、C1orf106、AGER、EMP2、LRDD、C16orf88、DDX55、ZNF692、SMUG1、LOC158376、PPAP2C、ST14、KLHL17、SRPK1、CD81、CLIC5、SPATS2、RALGPS2、C1orf107、CBX3、C2orf29、TRAP1及SLC39A8。

2.根据权利要求1所述的基因转录本组合，其特征在于，所述肺癌诊断的样本为肺组织RNA。

3.一种基于权利要求1或2任一项所述的基因转录本组合制备的肺癌诊断装置，其特征在于，所述装置包括检测模块和预测模块。

4.根据权利要求3所述的肺癌诊断装置，其特征在于，所述检测模块包括总RNA提取试剂、逆转录试剂、建库试剂或测序试剂。

5.根据权利要求3所述的肺癌诊断装置，其特征在于，所述检测包括从肺组织样本中提取总RNA，建库测序，获得如权利要求1所述的基因转录本count数。

6.根据权利要求5所述的肺癌诊断装置，其特征在于，所述预测包括将得到的基因转录本count数，输入构建好的逻辑回归分类器中，得到预测结果。

7.根据权利要求6所述的肺癌诊断装置，其特征在于，所述预测结果为0或者1，其中0表示样本预测结果为正常组织，1表示样本预测结果为肺癌。

8.根据权利要求6所述的肺癌诊断装置，其特征在于，所述分类器的构建方法如下：

(1)获取正常肺组织和肺癌组织，提取总RNA，进行逆转录，逆转录为cDNA；

(2)进行文库构建；

(3)测序上机，获得各转录本的reads数；

(4)进行下机数据质控、数据过滤、数据转换后，得到每个转录本的count数；

(5)使用DESEQ2软件包(基于R语言)进行差异转录本分析；

(6)根据设定的log2FoldChange和padjust₁阈值，进行差异转录本过滤，初步得到具有特别显著性差异的转录本组合，进入后续分析；

(7)将差异转录本count数作为自变量，是否为肺癌组织作为因变量，使用Scikit-learn软件包(基于Python)中的逻辑回归模型构建分类器，进行模型的训练后，得到分类模型；再根据分类模型对待测样本进行是否为肺癌的预测；

(8)根据得到的分类模型中各基因的系数权重进行排序，进一步对纳入模型中的基因数量进行探索，最终得到包含38个基因的优选组合；

(9)以包含38个基因构建逻辑回归分类器并检验其效果。

9.根据权利要求8所述的肺癌诊断装置，其特征在于，所述逻辑回归分类器中38个基因的权重系数如下：

10.根据权利要求9所述的肺癌诊断装置，其特征在于，所述权重系数越大，表明该基因在逻辑回归分类器中的作用越重要。