[发明专利]用于检测西瓜橙/黄瓤色性状的KASP标记引物组合及其应用

说明书

本发明属于分子生物学领域，提供了用于检测西瓜橙/黄瓤色的KASP标记引物组合及其应用。用于检测西瓜橙/黄瓤色的KASP标记引物组合包括如下三条引物：上游引物1、上游引物2和下游引物。本发明还提供了用于检测西瓜橙/黄瓤色的KASP标记引物组合的应用。采用本发明提供的引物组合进行西瓜橙/黄瓤色基因型的检测，操作流程简便，降低了人为误差，分析通量高；此方法应用于西瓜橙/黄瓤色基因的选育，可以大大节约时间和人工成本，提高分子标记辅助选择的育种效率，加速西瓜橙/黄瓤色性状的选育。

技术领域

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种用于检测西瓜橙/黄瓤色的KASP(Kompetitive Allele-Specific PCR，即竞争性等位基因特异性PCR)标记引物组合及其应用，提供一种是用于西瓜植株橙/黄瓤色性状的快速筛选和分子标记辅助育种的引物组合，提供涉及一种新型且简便的分子标记辅助选择方法。

背景技术

西瓜(Citrullus lanatus(Thunb.)Matsum.et Nakai)是葫芦科西瓜属西瓜种一年生蔓生草本植物。西瓜果实瓤色是现代栽培西瓜中重要的农艺性状之一，主要表现为红色、粉色、橙色、黄色等，带给消费者强烈的视觉印象。普通栽培西瓜的果肉颜色大部分为红色或粉红色，而野生型西瓜果肉多数呈现白色或者淡黄色，而类胡萝卜素的组成和含量的多样性是西瓜果实呈现各种绚丽颜色的主要原因。控制类胡萝卜素的合成将与西瓜果肉的颜色有密不可分的关系，因此通过对相关基因的分析可以预测西瓜果实瓤色，从而辅助西瓜育种过程。目前常用的分子标记方法有CAPS、dCAPS、SSR、RFLP等，这些技术都需要进行酶切或者电泳验证，时间长、费用高、过程繁琐，造成这些标记在分子育种方面的应用具有一定的局限性。而KASP标记技术能够检测出1bp的差异，非常准确且简便，能够在短时间内完成大量检测，在应用上具有较高的优势。

发明内容

为了解决现有技术中存在的上述问题，本发明提供了用于检测西瓜橙/黄瓤色性状的KASP标记引物组合及其应用。

一种用于检测西瓜橙/黄瓤色性状的KASP标记核心引物组合，所述西瓜橙/黄瓤色基因为OYC基因，所述KASP标记核心引物组合包括如下三条引物：

上游引物1的核心序列：5'-ggtgaagtttgtgcagagtatgcca-3'；

上游引物2的核心序列：5'-ggtgaagtttgtgcagagtatgccg-3'；

下游引物的序列：5'-cttcaattttccatctccaaacacatgtc-3'。

一种用于检测西瓜橙/黄瓤色的KASP标记引物组合，所述西瓜橙/黄瓤色基因为OYC基因，所述KASP标记引物组合包括如下三条引物：

上游引物1的序列：

5'-gaaggtgaccaagttcatgctggtgaagtttgtgcagagtatgcca-3'；

上游引物2的序列：

5'-gaaggtcggagtcaacggattggtgaagtttgtgcagagtatgccg-3'；

下游引物的序列：5'-cttcaattttccatctccaaacacatgtc-3'。

用于检测西瓜橙/黄瓤色性状的KASP标记引物组合的应用，所述应用为用于检测西瓜的橙或黄瓤色性状，包括以下步骤：

(1)提取待测西瓜品种基因组DNA；

(2)使用含有检测西瓜橙/黄瓤色性状的KASP标记引物组合对西瓜基因组DNA进行PCR扩增；

(3)根据PCR荧光信号的差异，利用软件进行分析，进而鉴别出每个待测西瓜的基因型，即鉴定出属于纯合AA、GG，杂合AG基因型的西瓜品种。