[发明专利]基于多重PCR测序中检测点突变的方法、装置、设备和介质

说明书

本申请公开了一种多重PCR测序中检测点突变的方法、装置、设备和介质，所述方法通过将多个扩增子划分形成多个扩增子集合；其中，每个扩增子集合中至少包括一个扩增子，且属于同一个扩增子集合中的两两扩增子之间无区间重叠；将样本测序序列划分形成多个样本测序序列集合；其中，所述样本测序序列集合与所述扩增子集合一一对应，具有对应关系的所述样本测序序列集合与所述扩增子集合满足所述样本测序序列集合中的样本测序序列属于所述扩增子集合中的扩增子；将所述多个样本测序序列集合分别进行突变检测。通过本申请解决了现有技术中多重PCR测序中对点突变检测时容易出现的假阴性结果,从而提高了检测结果的稳定性和准确性。

技术领域

本申请涉及到基因检测领域，特别是一种基于多重PCR测序中检测点突变的方法、装置、设备和介质。

背景技术

靶向测序技术可以将感兴趣的基因组区域富集出来测序，单个样本测序数据产出少且分析速度较快，因此更能经济高效地发挥NGS技术的优势，广泛应用到临床检测、健康筛查等众多领域。靶向测序技术中的多重PCR(multiplex PCR)测序技术，采用多重扩增子测序，即针对感兴趣的目标区域设计多重PCR引物进行扩增富集并进行测序的技术。多重PCR作为一种快速构建靶向测序文库的方法，由于其高效性、系统性、和经济简便性在目前的临床基因检测及研究领域中发挥越来越大的作用。

点突变就是简单的单个碱基的替换，插入删除突变是一个及一个以上碱基的删除或插入，在比对上就是会引入空位。多重PCR在设计过程中难免会有扩增子之间有重叠的情况，包括扩增区域之间有部分重叠以及扩增区域与引物有重叠。上述重叠情况会导致以下问题：

当目标突变处于两个扩增子扩增区域的重叠部分时，在常规检测点突变时，根据该位点支持突变碱基的序列数目以及总深度评估该位点是否有发生突变，若其中一侧的扩增子发生基因脱扣问题，导致含有目标突变的序列没有有效扩增，且该扩增子的扩增效率更高(即该扩增子扩增的序列数目更多)，那么按照常规检测思路，该位点目标碱基的突变频率会被认为和背景噪音一致，导致漏检的假阴性结果出现。

当目标突变处于一个扩增子扩增区域内，同时处于另一扩增子的引物区域内，这种情况就会同样存在当两个扩增子扩增不均匀导致位点频率过低而漏检的假阴性结果。

现有技术中，尚没有很好能够解决上述重叠情况导致的问题，使得检测结果出现假阴性的概率不可控。

发明内容

本申请实施例提供了一种基于多重PCR测序中检测点突变的方法、装置、设备和介质，用于解决现有技术中多重PCR测序中对点突变检测时容易出现假阴性结果。

根据本申请的一个方面，提供了一种基于多重PCR测序中检测点突变的方法，将多个扩增子划分形成多个扩增子集合；其中，每个扩增子集合中至少包括一个扩增子，且属于同一个扩增子集合中的两两扩增子之间无区间重叠；

将样本测序序列划分形成多个样本测序序列集合；其中，所述样本测序序列集合与所述扩增子集合一一对应，具有对应关系的所述样本测序序列集合与所述扩增子集合满足所述样本测序序列集合中的样本测序序列属于所述扩增子集合中的扩增子；

将所述多个样本测序序列集合分别进行突变检测。

进一步的，所述将多个扩增子划分形成多个扩增子集合，包括：所述每个扩增子集合中包括一个扩增子。

进一步的，所述将多个扩增子划分形成多个扩增子集合，包括:将所述多个扩增子按照染色体编号、扩增子中正向引物的起始位置、扩增子中反向引物的终止位置的3个维度的优先级从大到小以及所述每个维度的数据从小到大排序；

遍历排序后的所有所述扩增子并将已遍历过的所述扩增子划分至所述扩增子集合中，按固定的比对顺序判断当前的扩增子与已有扩增子存在的所述扩增子集合是否存在区间重叠，对于存在区间重叠的，将当前的扩增子归集到第一个与所述扩增子无区间重叠的所述扩增子集合中，否则将当前的扩增子归集到一个无扩增子存在的扩增子集合中。