[发明专利]一种亲子鉴定的方法

权利要求书

1.一种亲子鉴定的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

S101：对孕妇两次妊娠的游离DNA样本的二态性位点进行测序分别得到DNA数据S1和S2；

S102：分别获取S1和S2中含有胎儿信号的分型位点集X(S1)和X(S2)；

S103：根据S1和S2分别计算得到胎儿的DNA浓度p1和p2；

S104：根据公式Ⅱ计算共有率K，

K=[X(S1)∩X(S2)]/[X(S1)∪X(S2)](Ⅱ)；

S105：根据K、p1和p2与模拟样本的聚类模型的对应关系判断两次妊娠的胎儿为同母同父或同母异父关系，所述聚类模型由孕妇两次妊娠的胎儿关系和胎儿浓度明确的模拟样本按步骤S102和S104聚类胎儿浓度和K得到。

2.根据权利要求1所述的亲子鉴定的方法，其特征在于，步骤S105具体包括：

获取同母同父关系下胎儿浓度与K的聚类模型M(PT)和同母异父关系下胎儿浓度与K的聚类模型M(NPT)，判断K、p1和p2是否符合模型M(PT)或M(NPT)；若K、p1和p2符合模型M(PT)，则判断两个胎儿为同母同父关系；若K、p1和p2符合模型M(NPT)，则判断两个胎儿为同母异父关系；

模拟不同胎儿浓度的一次妊娠游离DNA模拟样本，模拟不同胎儿浓度的二次妊娠游离DNA模拟样本；一次妊娠游离DNA模拟样本与二次妊娠游离DNA模拟样本之间部分样本符合同母同父关系，剩余部分样本符合同母异父关系；聚类符合同母同父关系下不同胎儿浓度与对应K值得到聚类模型M(PT)，聚类符合同母异父关系下不同胎儿浓度与对应K值得到聚类模型M(NPT)；p为0-25%。

3.根据权利要求2所述的亲子鉴定的方法，其特征在于，所述M(NPT)和M(PT)通过以下方法得到：

S201：通过中国人群频率随机生成父本DNA样本F1、母本DNA样本M和无关男性DNA样本F2；通过孟德尔遗传定律，由F1和M生成子代Z1和Z2，由F2和M生成子代Z3；

S202：于胎儿浓度0-25%进行等梯度混样，混合Z1和M的样本获得模拟的孕妇游离DNA样本S1’，混合Z2和M的样本获得模拟的孕妇游离DNA样本S2’，混合Z3和M的样本获得模拟的孕妇游离DNA样本S3’，每种胎儿浓度生成多个样本，模拟测序深度为100X-150X；选择样本基因组上突变频率在[0.05-0.95]之间二态性的常染色体SNP位点以此作为遗传标记物，依据模拟测序深度进行SNP分型；

S203：根据步骤S102与S104的方法，计算每个S1’与每个S2’的K值和每个S1’与每个S3’的K值；

S204：在不同模拟浓度下，聚类S1’的胎儿浓度、S2’的胎儿浓度及对应K得到模型M(PT)，聚类S1’的胎儿浓度、S3’的胎儿浓度及对应K得到模型M(NPT)。

4.根据权利要求3所述的亲子鉴定的方法，其特征在于，在一个模拟样本的每个模拟浓度下，以另一个模拟样本的模拟浓度为横坐标，以K为纵坐标；得到每个模拟浓度下p与K的聚类对应图；在同一坐标系下绘制所有模拟浓度下的聚类对应图构成聚类模型且其上每个聚类对应图均能隐藏；在步骤S105中，仅选择p1或p2对应的模拟浓度对应的聚类对应图不隐藏；在未隐藏的聚类对应图中，判断p2或p1对应的模拟浓度与K是否符合M(NPT)或M(PT)聚类模型。

5.根据权利要求4所述的亲子鉴定的方法，其特征在于，等梯度的梯度差值为0.5%或1%，每种胎儿浓度生成50样本，选择样本基因组上2000个以上SNP位点。

6.根据权利要求5所述的亲子鉴定的方法，其特征在于，在步骤S105中，p1和p2采用四舍五入或取整的方式对应步骤S202的模拟浓度。

7.根据权利要求4所述的亲子鉴定的方法，其特征在于，在未隐藏的聚类对应图中，同一模拟浓度下，多个样本的K值形成竖线区域；在p1和p2与p对应下，判断K是否位于竖线区域上。