[发明专利]一种鉴定棉花矮生自封顶性状的分子标记组合及其应用和方法

说明书

本发明提供了一种鉴定棉花矮生自封顶性状的分子标记组合及其应用和方法，属于分子生物学技术领域。所述SNP分子标记组合为SNPIDNo.1和SNPIDNo.2；所述InDel分子标记组合为InDelIDNo.1和InDelIDNo.2；所述SNPIDNo.1位于海岛棉D03染色体上第49155705位，碱基为T；所述SNPIDNo.2位于海岛棉D03染色体上第49242336，碱基为A；所述InDelIDNo.1位于海岛棉D03染色体上第49014595位，碱基为C；所述InDelIDNo.2位于海岛棉D03染色体上第49354509位，碱基为A。采用本发明提供的分子标记组合能够鉴定棉花矮生自封顶性状，以提供一种新的与棉花矮生自封顶性状紧密连锁的SNP和InDel分子标记，为棉花矮生自封顶性状的鉴定和分子辅助选择提供一种新的方法。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，尤其涉及一种鉴定棉花矮生自封顶性状的分子标记组合及其应用和方法。

背景技术

株型是作物为适应环境而表现的形态结构，直接决定作物的产量与品质。株高是株型的主要构成性状，合适的株高能提高作物的抗倒伏能力，是作物获得高产、稳产的必要前提。20世纪60年代以来小麦、水稻的“绿色革命”是作物育种最伟大的成果之一，培育的矮杆品种在世界各地广泛种植，使产量增加了近一倍，这都归因于矮杆资源的充分利用。棉花是重要的经济作物和纺织原料来源，具有无限生长特性，在其整个生育期内需要通过打顶(摘掉顶芽)、以及多次施用缩节胺等植物生长调节剂，以达到控制棉花营养生长，缩短节间、紧凑株型的目的。因此培育具有矮生自封顶性状的棉花株型不仅有助于机械化采摘，促进棉花增产，而且可以节省大量的劳动力成本。

与传统育种手段相比，分子标记技术能够不受环境因素影响且能快速、准确跟踪目标基因。将分子标记技术与传统育种技术相结合，可在早期对植株进行基因型的鉴定，提高育种效率，缩短育种周期。SNP(single nucleotide polymorphism)是DNA单个核苷酸的变异，主要形式有转换和颠换，是最小的遗传变异单元。原理是利用染色体上某个位点单个核苷酸的变化，通过对不同个体间遗传物质的差异进行检测分析，从而达到区分品种的目的。SNP分子标记数量众多，在全基因组均有分布，数据统计简单效率高，易实现高通量表达，自动化程度高等诸多优点，在众多领域表现出十分广阔的应用前景。BSA分析(bulkedsegregant analysis)主要是选择双亲群体分离后代中具有极端表型的个体进行混样，通过比较不同极端混样池之间的多态性并结合表型进行目标基因定位的方法。随着分子育种技术的不断发展，BSA技术不仅可以应用在双亲群体的基因定位中，也可以在多亲群体、自然群体或者一些特殊组配的群体中应用。

根据已有的研究报道，棉花矮化相关种质资源非常有限，到目前为止仅有个别矮秆基因被定位，并鲜有涉及相关功能验证。季高翔(2018)通过BSA测序的将控制AS98矮化性状的基因定位与棉花D12染色体54Mb-55Mb区间，通过对候选区间进行SV(StructureVariation)检测，发现突变体野生型之间存在一个14K大片段的拷贝数变异(Copy NumberVariation，CNV)，结构变异中间包含一个EXTR-DWARF基因，通过表达量分析及VIGS实验，证实了EXTR-DWARF就是引起AS98极端矮化的目的基因。筛选与棉花矮生自封顶性状紧密连锁的SNP位点可为基因图位克隆、探究棉花矮生自封顶形成机制提供参考。同时为棉花矮杆自封顶株型育种提供实用的分子标记和基因资源。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种鉴定棉花矮生自封顶性状的分子标记组合及其应用和方法，采用本发明提供的分子标记组合能够鉴定棉花矮生自封顶性状，以提供一种新的与棉花矮生自封顶性状紧密连锁的SNP分子标记，为棉花矮生自封顶性状的鉴定和分子辅助选择提供一种新的方法。

为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：