[发明专利]双峰驼产奶性状相关基因EVX2及其作为分子标记的应用

权利要求书

1.一种双峰驼产奶性状相关基因EVX2作为与双峰驼产奶性状相关的分子遗传标记的应用，其特征在于，EVX2基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产奶性状具体是指双峰驼非脂固体率。

3.一种与双峰驼非脂固体率相关的SNP分子标记，其特征在于，位于双峰驼5号染色体48754135处核酸位点，该位点的碱基为C或A，包含在EVX2基因内含子内，其中，EVX2基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

4.权利要求3所述SNP分子标记进行选育或辅助选育双峰驼泌乳相关品种或品系的方法，其特征在于，是选育或辅助选育非脂固体率高/低的双峰驼。

5.根据权利要求4所述SNP分子标记进行选育或辅助选育双峰驼泌乳相关品种或品系的方法，其特征在于，基于所述SNP分子标记选育或辅助选育非脂固体率高/低的双峰驼详细步骤为：采集双峰驼组织样或血液样本，提取双峰驼基因组DNA，检测双峰驼的第5号染色体48754135核苷酸的序列为C或A，确定待测双峰驼的基因型是CC、CA或AA型，根据需要选择AA基因型或者CC基因型的双峰驼进行下一步选种和/或育种。

6.根据权利要求5所述SNP分子标记进行选育或辅助选育双峰驼泌乳相关品种或品系的方法，其特征在于，所述AA基因型双峰驼非脂固体率高于CA型双峰驼，CA基因型双峰驼非脂固体率则高于CC基因型双峰驼。

7.一种鉴定权利要求3所述SNP分子标记的方法，其特征在于，具体步骤为：

1)记录产奶性状：

采集并获取双峰驼产奶性状，记录其乳脂率及其影响因素，包括群体、年份、胎次、年龄、饲养方式、采样日期；

2)获取双峰驼样本：

采取对应双峰驼耳部组织样本，收集于离心管中，加入无水乙醇浸没样品，密封编号后于-80℃保存备用；

3)基因组DNA提取：

按照动物组织样DNA提取试剂盒说明书的流程，提取骆驼基因组DNA样品，使用NanoDrop 2000检测DNA样品的浓度和质量，并采用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性；

4)基因组重测序

采用Illumina公司标准建库流程制备测序文库，用Hiseq测序平台进行双峰驼基因组重测序，测序深度为4x；

5)检测变异位点：

用PLINK软件对测得的原始文库数据进行过滤处理，以减少碱基错误对结果造成的影响，过滤标准如下：(1)去除带接头的序列；(2)去除无法确定碱基信息的序列；(3)当单端序列含有质量低于5，需要去除此对序列；(4)仅保留双端序列；

6)全基因组关联分析：

采用Vcftools软件对变异中的SNP根据群体变异分布进行过滤，过滤阈值包括：(1)次要等位基因数量大于3；(2)SNP缺失率超过5％；(3)SNP质量大于30；(4)最小测序深度5；(5)最小等位频率低于0.05；最后，通过过滤的SNP用于全基因组关联分析，应用rMVP软件，利用一般线性模型(GLM)、混合线性模型(MLM)、固定和随机模型循环概率统一方法(FarmCPU)进行全基因组关联分析，鉴定影响产奶性状的关键候选基因及位点。