[发明专利]NK/T细胞淋巴瘤的铁死亡分子标志物及其筛选鉴定方法和应用在审

专利信息
申请号: 202310009069.X 申请日: 2023-01-04
公开(公告)号: CN115976215A 公开(公告)日: 2023-04-18
发明(设计)人: 郝诗慧 申请(专利权)人: 中山大学肿瘤防治中心(中山大学附属肿瘤医院;中山大学肿瘤研究所)
主分类号: C12Q1/6886 分类号: C12Q1/6886;G16B50/00;G01N33/574
代理公司: 广州科知专利代理事务所(普通合伙) 44723 代理人: 刘星旭
地址: 510060 *** 国省代码: 广东;44
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摘要:
搜索关键词: nk 细胞 淋巴瘤 死亡 分子 标志 及其 筛选 鉴定 方法 应用
【权利要求书】:

1.NK/T细胞淋巴瘤的铁死亡分子标志物,其特征在于,所述的铁死亡分子标志物为铁死亡差异表达基因:PARK7、ECH1、SLC39A7、ATF3、VDAC1、PDSS2、VDAC3、ATG7、ANXA2、HSPA8、KRT6B、RBX1、ANXA1、CFL1、CCT3、CCT8、RUFY1、DIAPH3、TFRC、RELA、ZFP36、OTUB1、TPM1、ENO2、PFN2、YTHDF3。

2.根据权利要求1所述的NK/T细胞淋巴瘤的铁死亡分子标志物,其特征在于,所述的铁死亡分子标志物为铁死亡差异表达基因的组合:ANXA2、HSPA8、ANXA1、CFL1;

所述的铁死亡分子标志物为所述铁死亡差异表达基因中至少两种的组合。

3.根据权利要求1或2所述的NK/T细胞淋巴瘤的铁死亡分子标志物的筛选鉴定方法,其特征在于,包括以下步骤:

(1)通过NCBI GEO公共数据库检索基因表达谱,并下载GSE80632和GSE169644数据集,并将两数据集进行交集后,确定26个铁死亡差异表达基因:PARK7、ECH1、SLC39A7、ATF3、VDAC1、PDSS2、VDAC3、ATG7、ANXA2、HSPA8、KRT6B、RBX1、ANXA1、CFL1、CCT3、CCT8、RUFY1、DIAPH3、TFRC、RELA、ZFP36、OTUB1、TPM1、ENO2、PFN2、YTHDF3;

(2)对所述26个铁死亡差异基因进行基因功能富集分析,并利用Metscape数据库进行通路分析;

(3)利用STRING数据库获取所述26个铁死亡差异基因中相关的蛋白质相互作用对,进行PPI分子互作网络评估,并通过Cytoscape中的MCODE进行模块分析,确定4个关键铁死亡差异基因:ANXA2、HSPA8、ANXA1、CFL1;

(4)利用CIBERSORT算法,先对比分析NKTCL和正常对照之间肿瘤微环境中免疫细胞亚群浸润的差异性,再对26个铁死亡差异基因的表达水平与免疫细胞亚群浸润水平进行Pearson相关分析,并进一步分析4个关键铁死亡差异基因与肿瘤免疫细胞亚群浸润的相关性;

(5)通过TISIDB数据库确定所述4个关键铁死亡差异基因与不同免疫因子之间的相关性;

(6)通过GeneCards数据库获取447个NKTCL疾病相关基因,并利用CIBERSORT算法分析与NKTCL疾病相关系数最高的前20位基因在正常对照队列和NKTCL队列中的差异表达水平,并进一步对所述4个关键铁死亡差异基因的表达水平与NKTCL疾病相关系数最高的前20位基因表达进行相关性分析;

(7)利用ROC曲线评估、利用人类蛋白质图谱数据库验证所述4个关键铁死亡差异基因在NKTCL诊断中的准确性。

4.根据权利要求3所述的NK/T细胞淋巴瘤的铁死亡分子标志物的筛选鉴定方法,其特征在于,所述基因功能富集分析包括GO富集分析、KEGG富集分析、GSEA富集分析。

5.根据权利要求3所述的NK/T细胞淋巴瘤的铁死亡分子标志物的筛选鉴定方法,其特征在于,所述不同免疫因子包括趋化因子、免疫抑制剂、MHC、免疫刺激剂、细胞受体。

6.根据权利要求3所述的NK/T细胞淋巴瘤的铁死亡分子标志物的筛选鉴定方法,其特征在于,所述NKTCL疾病相关系数最高的前20位基因为:TP53、MTC、BCL2、BCL10、BCL6、ATM、ALK、PTPRC、JAK3、CDKN2A、KIT、PTEN、STAT3、FAS、KRAS、AKT1、BAX、IL6、FASLG、PAX5。

7.根据权利要求3所述的NK/T细胞淋巴瘤的铁死亡分子标志物的筛选鉴定方法,其特征在于,步骤(7)中,所述利用ROC曲线评估的方法为:若所述4个关键铁死亡差异基因的ROC曲线下与坐标轴围成的面积AUC>0.7,则表示所述4个关键铁死亡差异基因的表达水平对NKTCL的发生和发展具有良好的临床预测效力。

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