[发明专利]一种鉴定社区获得性肺炎的生物标记物及其应用

权利要求书

1.一种鉴定社区获得性肺炎的生物标记物，其特征在于，所述生物标记物为来源于肺泡灌洗液的莫拉菌属、劳特罗普氏菌属、普雷沃菌属、奈瑟菌属和梭杆菌属。

2.根据权利要求1所述的一种鉴定社区获得性肺炎的生物标记物，其特征在于，所述莫拉菌属、劳特罗普氏菌属、普雷沃菌属、奈瑟菌属和梭杆菌属的获取方法如下：

S1.样本采集：采集20ml肺泡灌洗液，放置在冰箱内于4℃储存，储存时间≤6h；

S2.样本预处理：将步骤S1采集的肺泡灌洗液分装到无菌离心管中，然后放入离心机离心，离心后取无菌离心管下层的沉渣放置于可立冻存管内，之后将装有沉渣的可立冻存管放置于-80℃冰箱内保存；

S3.DNA提取：采用试剂盒提取立冻存管沉渣中的DNA；

S4.16s rDNA扩增子测序：

S4.1使用步骤S3提取的DNA配置PCR反应混合物；

S4.2扩增、孵育PCR反应混合物；

S4.3使用AMPure XP Beads对PCR反应混合物的产物进行纯化，使用ABI StepOnePlusRealTime PCR System进行定量检测，根据Novaseq 6000测序系统上机测序；

S5.数据处理及分类学注释：对数据进行处理，然后基于SILVA数据库或UNITE数据库对鉴定到的OTUs进行分类和注释。

3.根据权利要求1所述的一种鉴定社区获得性肺炎的生物标记物，其特征在于：所述步骤S2中，离心机以4℃1000rpm离心10min。

4.根据权利要求2所述的一种鉴定社区获得性肺炎的生物标记物及其应用，其特征在于，所述步骤S4.1中，PCR反应混合物包括：10×Buffer KOD 5μL，2mM dNTPs 5μL，25mMMgSO₄ 3μL，10μM接头引物1μL、10μM通用引物1μL，KOD酶1μL，100ng步骤S3提取的模板DNA，最后添加H₂O至50μL。

5.根据权利要求4所述的一种鉴定社区获得性肺炎的生物标记物，其特征在于，所述步骤S4.2中，PCR反应混合物扩增、孵育的步骤如下：PCR反应混合物于94℃初始变性2min，再经过98℃变性10s，62℃退火30s，68℃延伸30s，初始变性、变性、退火、延伸总共循环12次，循环完毕后于68℃孵育5min，即得PCR反应混合物扩增、孵育后的产物。

6.一种鉴定社区获得性肺炎的生物标记物的应用，其特征在于：用权利要求1-5所述的生物标记物与肺泡灌洗液中的CRP和NEUT％构建社区获得性肺炎临床预测诊断模型。