[发明专利]一种鉴定社区获得性肺炎的生物标记物及其应用

说明书

本发明公开了一种鉴定社区获得性肺炎的生物标记物及其应用，属于医学诊断技术领域。一种鉴定社区获得性肺炎的生物标记物，包括来源于肺泡灌洗液的莫拉菌属、劳特罗普氏菌属、普雷沃菌属、奈瑟菌属和梭杆菌属。生物标记物的获取方法如下：样本采集；样本预处理；DNA提取；16s rDNA扩增子测序；数据处理及分类学注释。本发明的生物标记物可用于与肺泡灌洗液中的CRP和NEUT％构建社区获得性肺炎临床预测诊断模型。本发明的生物标记物，可反映CAP下呼吸道微生物菌群的变化情况，特异性及灵敏性更高。本发明构建的临床预测诊断模型，预测能力良好，对促进精准医学、个体化有效治疗有着重要意义。

技术领域

本发明属于医学诊断技术领域，具体涉及一种鉴定社区获得性肺炎的生物标记物及其应用。

背景技术

社区获得性肺炎(CAP)的发病率及死亡率在全球感染性疾病中稳居高位，严重影响人们的健康。尽管社区获得性肺炎已有公认的诊断标准，包括症状、体征、实验室指标及影像学上的变化，但由于疾病的异质性及病理的复杂性，CAP的早期精准诊断仍然是一个值得重视的临床问题，尤其是对于重症肺炎患者。疾病早期不明显的症状，非特异的实验室指标变化，以及重症患者肺部CT检查的难以实现，都为肺炎早期准确诊断带来困难。

如果诊断不及时或诊断错误，可能会延误病人的治疗，加重病人的病情，对于非细菌感染性肺部疾病，错误的诊断还导致抗生素药物的滥用，进一步导致耐药性的产生。因此，提高肺炎患者的早期诊断率及诊断正确率，对提高疗效、改善预后具有十分重要的作用，是实施个体化治疗及精准治疗、改善预后的关键。

高特异性及高敏感性的生物标记物对于早期精准诊断有很大帮助。现有的血清炎症标记物，如降钙素原、C反应蛋白等，均缺乏良好的特异性，只能作为一种辅助检查手段，不能用于精准识别肺炎患者。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种鉴定社区获得性肺炎的生物标记物及其应用。本发明旨在解决社区获得性肺炎早期诊断困难，诊断不全面、精度差的问题。

为达到上述目的，本发明提供了一种鉴定社区获得性肺炎的生物标记物，所述生物标记物为来源于肺泡灌洗液的莫拉菌属、劳特罗普氏菌属、普雷沃菌属、奈瑟菌属和梭杆菌属。

进一步，所述莫拉菌属、劳特罗普氏菌属、普雷沃菌属、奈瑟菌属和梭杆菌属的获取方法如下：

S1.样本采集：采集20ml肺泡灌洗液，放置在冰箱内于4℃储存，储存时间≤6h；

S2.样本预处理：将步骤S1采集的肺泡灌洗液分装到无菌离心管中，然后放入离心机离心，离心后取无菌离心管下层的沉渣放置于可立冻存管内，之后将装有沉渣的可立冻存管放置于-80℃冰箱内保存；

S3.DNA提取：采用试剂盒提取立冻存管沉渣中的DNA；

S4.16s rDNA扩增子测序：

S4.1使用步骤S3提取的DNA配置PCR反应混合物；

S4.2扩增、孵育PCR反应混合物；

S4.3使用AMPure XP Beads对PCR反应混合物的产物进行纯化，使用ABIStepOnePlus RealTime PCR System进行定量检测，根据Novaseq 6000测序系统上机测序；

S5.数据处理及分类学注释：对数据进行处理，然后基于SILVA数据库或UNITE数据库对鉴定到的OTUs进行分类和注释。

进一步，所述步骤S2中，离心机以4℃1000rpm离心10min。