[发明专利]一种用于检测HER2拷贝数变异的引物探针、数字PCR试剂盒及检测方法

权利要求书

1.一种用于检测HER2拷贝数变异的引物探针，其特征在于，包含序列如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示的HER2基因检测引物对和序列如SEQ ID NO:3所示的MGB探针，序列如SEQID NO:4和SEQ ID NO:5所示的内参基因EFTUD2检测引物对和序列如SEQ IDNO:6所示的内参基因MGB探针。

2.根据权利要求1所述的引物探针，其特征在于，序列如SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:6所示的MGB探针分别标记荧光基团。

3.根据权利要求2所述的引物探针组合，其特征在于，所述荧光基团选自FAM、HEX、ROX或CY5中的一种；优选所述MGB探针上标记的荧光基团选自FAM；所述EFTUD2内参基因MGB探针上标记的荧光基团选自HEX。

4.根据权利要求1-3中任意一项所述的引物探针，其特征在于，所述HER2基因引物的浓度为500nM，所述MGB探针的浓度为250nM，内参基因EFTUD2引物的浓度为500nM，所述内参基因MGB探针的浓度为250nM，配制成20×HER2引物探针预混液。

5.包含权利要求1-4中任意一项所述的用于检测HER2拷贝数变异的引物探针的试剂盒。

6.一种采用权利要求5所述试剂盒进行HER2拷贝数变异的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：

1)将待测样品进行DAN提取，获得DNA提取物；

2)以所述待测样品的DNA提取物作为待测模板，进行芯片式数字PCR扩增，获得扩增产物进行分析，得到HER2基因拷贝数与EFTUD2基因拷贝数的比值。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述待测样品为FFPE组织或血浆样本。

8.根据权利要求6或7所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应体系包括：待测DNA模板15-100ng；10×dPCR Mix 2μL；20×HER2引物探针预混液Mix 1μL；用无核酸的ddH₂O补足至20μL；所述引物探针预混液是由终浓度为500nM的HER2基因引物，终浓度为250nM的探针，终浓度为500nM的内参基因EFTUD2引物，终浓度为250nM的内参基因探针配制而成。

9.根据权利要求6-8中任意一项所述的方法，其特征在于，PCR反应条件为：95℃预变性5min；进行40个循环的95℃变性30sec，56℃退火45sec；20℃保存。

10.根据权利要求7-9中任意一项所述的方法，其特征在于，步骤2)中，对于FFPE样本：当HER2基因与内参基因的比值大于1.8时，HER2基因有扩增；当HER2基因与内参基因的比值小于或等于1.8时，HER2基因无扩增；

对于血浆样本：当HER2基因与内参基因的比值大于1.3时，HER2基因有扩增；当HER2基因与内参基因的比值小于或等于1.3时，HER2基因无扩增。

11.权利要求1-4任意一项所述引物探针及权利要求5所述试剂盒在制备HER2拷贝数变异检测系统、肿瘤诊断体系、肿瘤用药评价体系中的应用。