[发明专利]与松散型花椰菜矮茎基因连锁的分子标记及应用

说明书

本发明公开了与松散型花椰菜矮茎基因连锁的分子标记及应用，属于分子育种领域。本发明利用1份松散型花椰菜育种高代自交系材料及其EMS突变体库中的矮茎材料，基于BSA群体定位获得与松散型花椰菜矮茎性状紧密连锁的染色体区域，并在候选区间内开发了分子标记。根据候选基因的单碱基突变设计了1个KASP分子标记，利用该标记对428个单株进行基因型鉴定，与表型符合率达到100％。本发明可以直接用于松散型花椰菜矮茎植株的分子标记辅助育种，提高育种的选择效率，加快育种进程；同时为矮茎基因CauSS的克隆、功能验证及植物主茎生长、发育等相关研究奠定基础。

技术领域

本发明属于花椰菜分子育种领域，涉及一种与花椰菜矮茎基因连锁的SNP分子标记及应用。

背景技术

花椰菜(Brassica oleracea var.botrytis L.)属于十字花科芸薹属植物，由于其营养丰富，深受广大消费者的喜爱。目前我国已成为世界上最大的花椰菜生产国和消费国，花椰菜在保证我国蔬菜出口创汇和周年均衡供应中起重要作用。近年，松散型花椰菜(简称松花菜)已成为我国主要消费类型，栽培面积占总面积的90％以上，为我国农业增效、农民增收提供了重要保障。

随着人工成本的增加，选育适宜机械化采收的品种显得尤为迫切。目前，机械化采收已经成为松花菜主要育种目标之一。松花菜主茎长度是实际生产与生长发育过程中重要的农艺性状之一。主茎过高俗称“高脚”，植株容易倒伏，不利于田间管理；主茎过矮俗称“矮脚”，不利于机械化采收。适当的主茎长度不仅有利于机械化采收，而且有助于花球远离土壤中的病原微生物，对花球的健康发育和品质保障具有积极作用。

目前国内外尚未见花椰菜主茎长度基因的定位、克隆等研究，花椰菜高矮茎形成机制尚不明确，不利于现有花椰菜品种的遗传改良。因此，在开展高矮茎的遗传分析与基因克隆基础上，阐明其目标基因的功能及其相关的分子调控机制，对花椰菜种质创新、品种改良具有重要的理论意义和实际应用价值。

在前期研究中，我们发现了1个松散型花椰菜矮茎突变体‘SS-5-16’，本发明以该突变体为主要材料，开展了矮茎基因的定位及连锁分子标记的开发。

发明内容

本发明的首要目的在于针对松散型花椰菜出现的高矮茎现象，提供一种与矮茎基因连锁的分子标记，为矮茎突变体的筛选提供新的途径。

一种与松散型花椰菜矮茎基因连锁的分子标记，为花椰菜9号染色体第1732384位核苷酸处G向A的突变。

进一步的，所述的分子标记对应的基因型：A：A为具有矮茎表型的基因型，G：A和G：G为不具有矮茎表型的基因型。

进一步的，针对该突变位点设计的引物(Cau-SS1标记)如下：

正向引物Primer_AlleleX(SS-1)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGAGAAGATCGCTGCTTCGTTTAG(SEQ ID NO.1)；

正向引物Primer_AlleleY(SS-2)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGAGAAGATCGCTGCTTCGTTTAA(SEQ ID NO.2)；

反向引物Primer_Common：CAATGGCTGCAATACCATCAGTAG(SEQ ID NO.3)；

进一步的，两个正向引物分别连接不同的荧光接头序列FAM和HEX。

接头序列：

FAM：GAAGGTGACCAAGTTCATGCT；

HEX：GAAGGTCGGAGTCAACGGATT；