[发明专利]一种鉴定肿瘤组织来源的试剂盒及数据分析方法

说明书

本发明公开一种鉴定肿瘤组织来源的试剂盒，包括接头和PCR扩增引物，所述接头包括核苷酸序列，该接头的核苷酸序列包括A01‑T、A01‑B、A02‑T、A02‑B、A03‑T、A03‑B、A04‑T、A04‑B、A05‑T、A05‑B、A06‑T、A06‑B；所述PCR扩增引物包含核苷酸序列，该PCR扩增引物的核苷酸序列包括R01‑F、R01‑R、R02‑F和R02‑R。本发明通过设计新的接头核苷酸序列和PCR扩增引物，其具有更高的准确性和有效性等优点。本发明还公开了一种用于鉴定肿瘤组织来源的试剂盒的数据分析方法，包括数据预处理、比对、甲基化信息统计、质控和分析。本发明通过分析甲基化Beta指标，进一步提高了识别比例。

技术领域

本发明涉及生物医药技术领域，尤其是涉及一种鉴定肿瘤组织来源的试剂盒及鉴定肿瘤组织来源的试剂盒的数据分析方法。

背景技术

癌症的转移(metastasis)是指肿瘤细胞从原发灶上脱落，进入循环系统，转移到身体其他部位并继续生长的过程。原有的肿瘤称为“原发病灶”，新形成的肿瘤称为“继发病灶”或“转移病灶”。根据肿瘤细胞进入循环系统的阶段不同，癌症的转移分为早期转移模式(early dissemination model)和后期转移模式(late dissemination model)。这两种模式的区别主要在于转移的癌细胞发生突变时所处的环境。在后期转移模式中，癌细胞在原发灶发生变异和增殖，然后通过循环系统发生转移，此时转移灶与原发灶的基因相似度较高，可使用与原发灶相同的治疗手段；在早期转移模式中，癌细胞在经过循环系统到达目的地之后才发生变异，这种模式中转移灶与原发灶的癌细胞基因相似度较低，不易确定原发灶位置。

当肿瘤已经发展成真正的癌症，也就是所谓浸润癌，表示癌细胞已经从发生的部位向更深的地方侵袭浸润。而对于浸润癌来说，癌细胞的转移优势则是造成癌症的死亡的主要原因。

据统计，90％的癌症死亡就是转移导致的。转移性癌症治疗难度极大，患者的癌细胞的附着能力下降甚至完全丧失，其迁移能力增强，导致癌细胞从原生部位随血液或淋巴系统转移到其他身体部位，最终形成新的肿瘤。肿瘤的转移是指肿瘤细胞从原发位置通过侵入循环系统，转移到其他身体部位并继续生长的过程。

原发灶不明恶性肿瘤(Cancer of unknown primary，以下简称CUP)是一种确诊为转移性恶性，但是无法确定原发位置的肿瘤，约占恶性肿瘤总数的3％～5％，它的死亡率在所有癌症中排名第四。无法确定肿瘤原发位置的原因可能是原发灶太小、原发灶被机体免疫系统破坏或原发灶已在之前的治疗中被切除等。CUP患者的预后都比较差，接受化疗后生存时间中位数为4-12个月，1年生存率约为50％，5年生存率约为10％。由于对各种癌症的治疗手段各不相同，因此确定CUP患者的肿瘤原发位置并采取合适的措施，对于改善其预后具有重要的意义。

PET/CT曾是最有效的识别CUP原发位置的医学影像学工具，能够诊断出约30％的CUP原发位置。Moller等人使用FDG-PET-CT检测CUP原发位置，但当原发灶较小时，PET/CT对于癌症溯源起到的作用比较有限。为此，需要进行组织病理学检查。