[发明专利]用于幽门螺杆菌及毒力基因检测的CrRNA、CRISPR-Cas12a系统及应用在审

专利信息
申请号: 202310572212.6 申请日: 2023-05-17
公开(公告)号: CN116574823A 公开(公告)日: 2023-08-11
发明(设计)人: 沈继录;朱毅;徐华铭;唐浩;周静;刘润德 申请(专利权)人: 安徽省公共卫生临床中心(安徽省传染病医院)
主分类号: C12Q1/689 分类号: C12Q1/689;C12Q1/6844;C12N15/11;C12N15/113;C12R1/01
代理公司: 合肥兴东知识产权代理有限公司 34148 代理人: 苗娟
地址: 230012 *** 国省代码: 安徽;34
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摘要:
搜索关键词: 用于 幽门 螺杆 毒力 基因 检测 crrna crispr cas12a 系统 应用
【说明书】:

发明提供了一种用于幽门螺杆菌及毒力基因检测的CrRNA,包括分别针对16S rDNA、cagA、vacA基因的三种CrRNA,序列分别如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.3所示;所述三种CrRNA识别并结合到经RPA扩增的样本序列后,激活Cas12a蛋白切割靶序列,同时切割反应体系内的任一单链DNA。本发明还提供了一种CRISPR‑Cas12a系统以及基于快速检测幽门螺杆菌及毒力基因的方法。同时,本发明还提供了一种CRISPR‑Cas12a系统在制备幽门螺杆菌及毒力基因检测试剂盒中的应用。本发明的优点在于:适用于各种医疗条件下对幽门螺杆菌感染患者进行毒力基因分型的快速便捷式诊断。

技术领域

本发明涉及医疗技术领域,尤其涉及一种用于幽门螺杆菌及毒力基因检测的CrRNA、CRISPR-Cas12a系统及应用。

背景技术

幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)是一种革兰氏染色阴性、呈螺旋状的微需氧菌,全球超过一半的人都感染或曾经感染过幽门螺杆菌。研究发现,该菌是慢性胃炎,消化性溃疡的主要致病因素,而且与胃癌的发生、发展相关。目前,幽门螺杆菌被国际癌症研究机构列为I类致癌物。

幽门螺杆菌细胞毒素相关蛋白A(cytotoxin-associated gene A,cagA)和空泡毒素(vacuolating cytotoxin gene,vacA)是主要的致病因子。临床上一般将幽门螺杆菌的菌株分为I型和II型,其中,I型为幽门螺杆菌血清抗体试验cagA和(或)vacA阳性,II型为cagA、vacA均阴性。因为II型菌株几乎没有毒力,其感染后一般只引起慢性浅表性胃炎或者无临床症状,因此对于携带II型菌株且无任何临床症状的人群,可不必盲目选择根除治疗。据此,cagA、vacA毒力基因分型成为临床是否对幽门螺杆菌感染患者进行根除治疗的关键判断指标。

目前,幽门螺杆菌常用的检测方法包括尿素呼气试验、血清抗体试验、粪便抗原试验、幽门螺杆菌培养、荧光定量PCR技术等。其中,尿素呼气试验不能对幽门螺杆菌分型;血清抗体试验不能区分是既往感染还是正在感染;粪便抗原试验灵敏度较低且不能分型;幽门螺杆菌培养周期长且不能分型;荧光定量PCR技术需要昂贵的热循环仪,在基层医院难以推广使用,不适用于便携式检测。

因此,为满足快速和便捷的诊断需求,急需开发一种基于CRISPR-Cas12a技术的crRNA,同时与免疫层析条耦联开发了一种快速(25~30分钟)检测临床样本中幽门螺杆菌及毒力基因的新方法,这对于临床快速诊断至关重要。

发明内容

本发明所要解决的技术问题在于提供一种用于幽门螺杆菌及毒力基因检测的CrRNA、CRISPR-Cas12a系统及应用,本发明适用于各种医疗条件下对幽门螺杆菌感染患者进行毒力基因分型的快速便捷式诊断。

本发明采用以下技术方案解决上述技术问题:

一种用于幽门螺杆菌及毒力基因检测的CrRNA,包括三种CrRNA,其碱基序列分别如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3所示。

作为本发明的优选方式之一,碱基序列如所述SEQ ID NO.1所示的CrRNA用于针对幽门螺杆菌16S rDNA;碱基序列如SEQ ID NO.2所示的CrRNA用于针对cagA基因;碱基序列如SEQ ID NO.3所示的CrRNA用于针对vacA基因。

作为本发明的优选方式之一,所述三种CrRNA用于分别识别并结合到经RPA扩增的样本序列,并激活Cas12a蛋白切割靶序列,同时切割对应反应体系内的任一单链DNA。

一种上述CrRNA在制备幽门螺杆菌及毒力基因检测产品中的应用。

一种检测幽门螺杆菌及毒力基因的CRISPR-Cas12a系统,包括上述crRNA。

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