[发明专利]一种六妹羊肚菌SSR分子标记、引物组及其应用

说明书

本发明属于食用菌遗传学分析及育种技术领域，具体涉及一种六妹羊肚菌SSR分子标记、引物组及其应用。本发明所述六妹羊肚菌SSR分子标记包括37个SSR分子标记中的一种或多种：所述37个SSR分子标记通过7个六妹羊肚菌基因组的全基因组水平的比较分析得到；所述37个SSR分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.37所示。本发明所述37个SSR分子标记在20份六妹羊肚菌中表现出较高的多态性，且稳定性好，可以用于六妹羊肚菌的遗传多样性分析和种质鉴定，具有较好地应用价值。

技术领域

本发明属于食用菌遗传学分析及育种技术领域，具体涉及一种六妹羊肚菌SSR分子标记、引物组及其应用。

背景技术

羊肚菌是一种名贵的珍稀食用菌，不但味道鲜美、口感脆嫩，还富含多种生物活性成分，具有抗癌、抗肿瘤、抗疲劳、提高免疫力和保肝护肝等功效，深受人类的青睐。据统计，2021-2022年度，全国的羊肚菌栽培面积已达25万亩，是十年前的80余倍，栽培区域也遍布全国各地。然而由于羊肚菌菌种的不稳定性导致的70%的种植户无法稳定盈利。

六妹羊肚菌是目前大面积推行的羊肚菌栽培品种之一，具有抗温差波动能力强，适应性广和产量稳定的优势，近年来在全国各地推广较多。然而，由于前端的遗传育种研究基础薄弱，品种选育工作难以推进，且市场上品种的肆意传代导致的活力退化现象也常有发生，如相同的菌株在各地表现差异明显，甚至出现一些区域高产，一些区域绝收的极端案例。该现象的内因是品种权的保护问题，如何保障育种工作者的权益成为行业亟待解决的事情。

分子身份标签是通过DNA条形码技术，为每一个菌株构建一套独有的分子标记信息，以区分异己，实现菌种保护的目的。SSR（Simple Sequence Repeats）分子标记是行业内外认可度较高的分子标记技术，其是基于基因组中的1-6个核苷酸的重复片段多态性设计，具有序列变异度高、稳定性高、共显性等优势，已在动物、植物和微生物中广泛使用，同时，SSR分子标记也广泛用于遗传图谱的构建、目标基因的标定、指纹图的绘制、品种鉴定、谱系分析、群体间遗传距离分析、进化和遗传多样性等研究中。

传统的SSR标记开发借助常规的重复序列富集PCR扩增、ISSR（inter-simplesequence repeat）转化、EST-SSR（expressed sequence tag-simple sequence repeat）序列开发以及简单的依靠单一的基因组序列查找SSR位点进行开发检测。刘伟等（2018）曾基于粗柄羊肚菌的转录组数据分析了其SSR分布和序列特征分析（刘伟等.粗柄羊肚菌转录组的SSR分布和序列特征分析.轻工学报，2017，32(02):33-39）。孟清等（2019）同样基于小海绵羊肚菌转录组数据进行SSR信息分析和分子标记的开发，其中随机筛选的12对SSR引物中4对引物表现稳定可重复的多态性，并对收集的19株羊肚菌进行了遗传多样性分析（孟清等.青海小海绵羊肚菌M12-10转录组SSR信息分析及其分子标记开发.青海大学学报，2019，37(06):1-10）。Du et al.（2019）基于一个梯棱羊肚菌基因组数据的SSR特征分析，设计了一套适用于M. importuna，M. sextelata，M. eximia，M. exuberans，Mel-13和Mel-21的SSR分子标记，但该标记的多态性较低，22个SSR标记在6个种中只扩增得到了15-22个多态性位点（Du et al. Hybridization, characterization and transferability of SSRsin the genus Morchella. Fungal Biology. 2019,123(7): 528-538）。目前上述现有技术中针对梯棱羊肚菌、粗柄羊肚菌或小海绵羊肚菌开发的SSR标记的种间通用性较差，引物多态性较低，无法用于六妹羊肚菌的鉴定及遗传多样性的分析。

发明内容

本发明的目的通过7个六妹羊肚菌基因组比较分析，获得一套六妹羊肚菌SSR分子标记、引物组及其应用，所述SSR分子标记多态性高，可以用于六妹羊肚菌的特异性遗传多样性分析。