[发明专利]一套用于竹乡鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用

权利要求书

1.一套用于竹乡鸡品种鉴定的SNP位点引物组合，其特征在于，所述引物组合扩增选自如下ZX1位点到ZX8位点中的任意4到8种：

ZX1位于NC_006091.4染色体4上第89881165位，其为C或A多态；

ZX2位于NC_006093.4染色体6上14963591位，其为T或A多态；

ZX3位于NC_006092.4染色体5上第56394647位，其为G或A多态；

ZX4位于NC_006106.4染色体19上第7609934位，其为A或G多态；

ZX5位于NC_006090.4染色体3上第91034398位，其为T或G多态；

ZX6位于NC_006100.4染色体13上第4782894位，其为T或C多态；

ZX7位于NC_006091.4染色体4上第47655290位，其为G或A多态；

ZX8位于NC_006114.4染色体27上第3144758位，其为G或A多态。

2. 根据权利要求1所述的SNP位点引物组合，其特征在于，各SNP位点引物的核苷酸序列为：

ZX1-F：5’GGGTTATTGTCCTGGTTTGC 3’

ZX1-R：5’TGTGGAGTCACGTGGAAGTC 3’

ZX2-F：5’ACTGCCCACCAACTGTCTCT 3’

ZX2-R：5’TTCTCCTCACCACCTGTTCC 3’

ZX3-F：5’GCCAGTCTGCAACCCTTAAA 3’

ZX3-R：5’TTGGATGCAGGAGGTAAAGC 3’

ZX4-F：5’ACCAAAGTCAGCCTGGAGAA 3’

ZX4-R：5’CTGAAGCTCACCAACAACCA 3’

ZX5-F：5’CAGCCAATGCTACAGAGCAC 3’

ZX5-R：5’ATCAAAGTGCTGGTCATCCA 3’

ZX6-F：5’AAGGTGACAGCTGGTTTGCT 3’

ZX6-R：5’AGGCTGCATCTGAGAAGTGG 3’

ZX7-F：5’AGAATGAACAGCCTGTGGTG 3’

ZX7-R：5’ATTCCTGCCCTGTCTTCCTT 3’

ZX8-F：5’TCTCCGAGAGGCAGACAGTT 3’

ZX8-R：5’ATTCGTGCTGCAGTGATGAG3’。

3.根据权利1或2所述的SNP位点引物组合，其特征在于，所述SNP位点的筛选方法为：利用芯片对12个鸡种的55000个SNP位点进行筛选确定，根据每个品种跟其他品种对比，取差异最大的位点的集合，群体间遗传分化指数前1%，最小等位基因频率0.4，缺失率0.2 进行筛选，确定68个SNP位点，优先选择竹乡鸡参考基因组位点等位基因频率为0或1，然后确定其他11个品种的每个位点的不同等位基因频率均值，再通过该均值与竹乡鸡每个位点的不同等位基因频率进行比较，筛选等位基因频率差异较大的SNP位点，其他群体该等位基因频率为接近1或接近0的位点，最终确定用于竹乡鸡品种鉴定的8个SNP位点，

其中，所述12个鸡种包括竹乡鸡、乌蒙乌骨鸡、兴文乌骨鸡、乌蒙凤鸡、金湖乌凤鸡、丝羽乌骨鸡、黔东南小香鸡、矮脚鸡、高脚鸡、威宁鸡、哈伯德肉鸡和来航鸡。

4.权利要求1至3中任一项所述的SNP位点引物组合在竹乡鸡品种鉴定中的应用。

5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，鉴定方法包括如下步骤：

（1）提取待测鸡基因组总DNA；

（2）根据所选SNP组合，利用权利要求2对应的引物对分别进行PCR扩增；

（3）将PCR扩增产物测序后、判断基因型；

（4）根据基因型结果，判断个体是否属于竹乡鸡品种。

6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述步骤（1）中待测鸡的基因组DNA由该鸡种的个体翅静脉采血得到。