[发明专利]一套用于竹乡鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用

说明书

本发明公开了一套用于竹乡鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用。所述引物组合扩增选自ZX1位点到ZX8位点中的任意4到8种。采用本发明提供的SNP位点引物组合进行竹乡鸡品种鉴定时，只要有一个SNP位点基因型不符合竹乡鸡相应的基因型，即可完全排除该个体属于竹乡鸡；任选4个SNP位点组合，符合竹乡鸡基因型的判定概率即可达到98％以上。这种方法操作简便，准确性高，可以有效打击市场假冒的竹乡鸡产品。

技术领域

本发明涉及家禽品种鉴定方法，具体地，涉及一套用于竹乡鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用。

背景技术

竹乡鸡是贵州省优良特色地方品种之一，产于贵州北部“楠竹之乡”赤水市，属于乌骨鸡系列。竹乡鸡主要特征是全身黑羽、乌皮、乌肉、乌骨，富含十八种氨基酸，据测定，竹乡鸡含谷氨酸3.60%、丙氨酸1.49%、缬氨酸1.10%、蛋氨酸0.68%、亮氨酸1.93%、异亮氨酸1.07%，比普通鸡高出1.7倍。竹乡鸡肉质鲜美、药用价值高、耐粗饲、适应性强，具有明显的抗疲劳、提高耐缺氧、抗衰老和提高免疫力的作用，深受广大养殖者和消费者的喜爱。由于竹乡鸡的显著经济价值，市场上出现很多竹乡鸡与国内外其他品种乱杂乱配的冒充品种，这些品种体型外貌酷似竹乡鸡，消费者很难辨别，使广大养殖户利益受到损害，同时影响了竹乡鸡原种的保种与选育。

目前市场上鉴别竹乡鸡真伪的方法主要依靠外观观察，这种观察主观性较强，尤其在鉴定竹乡鸡与其他品种鸡杂种后代时，因其外貌相似，鉴定错误率较高。

发明内容

针对上述外观观察方式鉴定竹乡鸡错误率较高的问题，本发明提供了一套用于竹乡鸡品种鉴定的SNP位点引物组合及其应用，通过检测提供的竹乡鸡8个SNP位点的基因型来联合判断待测个体是否属于竹乡鸡。该方法操作简便，准确性高，可以准确鉴定竹乡鸡品种，有效打击市场上竹乡鸡地方品种的假冒伪劣产品。

为了实现上述目的，本发明一方面提供一套用于竹乡鸡品种鉴定的SNP位点引物组合，所述引物组合扩增选自如下ZX1位点到ZX8位点中的任意4到8种：

各SNP位点引物的核苷酸序列如下：

所述SNP位点的筛选方法为：利用芯片对12个鸡种的55000个SNP位点进行筛选确定，根据每个品种跟其他品种对比，取差异最大的位点的集合，群体间遗传分化指数前1%，最小等位基因频率0.4，缺失率0.2 进行筛选，确定68个SNP位点，优先选择竹乡鸡参考基因组位点等位基因频率为0或1，然后确定其他11个品种的每个位点的不同等位基因频率均值，再通过该均值与竹乡鸡每个位点的不同等位基因频率进行比较，筛选等位基因频率差异较大的SNP位点，其他群体该等位基因频率为接近1或接近0的位点，最终确定用于竹乡鸡品种鉴定的8个SNP位点，

其中，所述12个鸡种包括竹乡鸡、乌蒙乌骨鸡、兴文乌骨鸡、乌蒙凤鸡、金湖乌凤鸡、丝羽乌骨鸡、黔东南小香鸡、矮脚鸡、高脚鸡、威宁鸡、哈伯德肉鸡和来航鸡。

本发明还提供了一种上述SNP位点引物组合在竹乡鸡品种鉴定中的应用。

具体地，鉴定方法包括以下步骤：

(1)提取待测鸡基因组总DNA；

(2)根据所选SNP组合，利用对应的引物对分别进行PCR扩增；

(3)将PCR扩增产物测序后、判断基因型；

(4)根据基因型结果，判断个体是否属于竹乡鸡品种。

步骤（4）中具体判断方法为：如果所选SNP组合对应的基因型有一个不符合竹乡鸡对应的基因型，则判定该个体不属于竹乡鸡；如果所选至少4个SNP位点组合对应的基因型全部符合竹乡鸡对应的基因型，则根据贝叶斯定理判定该个体属于竹乡鸡的概率。

优选地，所述步骤(1)中待测鸡的基因组DNA由该鸡种的个体翅静脉采血得到。