[发明专利]通过裂解脱碱基位点的核酸产生可延伸的上游DNA片断而鉴定核酸分子的方法

权利要求书

1．鉴定核酸分子的方法，所述方法包括下列步骤：

ⅰ)将可用作DNA糖基化酶之底物的经修饰碱基导入DNA分子；

ⅱ)利用所述DNA糖基化酶切下经修饰的碱基以产生脱碱基位点；

ⅲ)裂解脱碱基位点处的DNA以产生可被延伸的上游DNA片断；和

ⅳ)在可使片断延伸的酶和模板核酸的存在下保温可延伸上游片断并分析所得片断。

2．权利要求1的方法，其中通过在脱碱基位点的5’方向裂解DNA产生上游片断，使得上游片断的3’末端携有羟基。

3．权利要求2的方法，其中用5’AP内切核酸酶进行裂解。

4．权利要求1的方法，其中通过裂解脱碱基位点5’方向，留下上游片断3’末端的磷酸基团并除去磷酸基团而产生上游片断，使得上游片断的3’末端携有羟基。

5．权利要求1的方法，其中通过裂解脱碱基位点3’方向，在上游片断3’末端产生脱氧核糖磷酸基团，随后除去脱氧核糖基团而产生上游片断，使得上游片断的3’末端留下羟基。

6．上述任一权利要求的方法，其中除去了位于上游片断3’末端下游的5’脱氧核糖组成成分，使得上游片断可在模板上延伸。

7．权利要求6的方法，其中通过5’脱氧核糖磷酸二酯酶除去5’脱氧核糖组成成分。

8．上述任一权利要求的方法，其中通过酶促扩增DNA导入经修饰的碱基。

9．权利要求8的方法，其中通过分离扩增链以分开分析各个链。

10．权利要求8或9的方法，其中标记了参与酶促扩增的引物或一个或多个核苷酸。

11．上述任一权利要求的方法，其中酶是聚合酶。

12．权利要求11的方法，其中在一个或多个核苷酸的存在下将可延伸的上游片断与聚合酶保温。

13．权利要求12的方法，其中步骤ⅳ)中的一个或多个核苷酸是双脱氧核苷酸。

14．权利要求12或13的方法，其中步骤ⅳ)中的一个或多个核苷酸被标记。

15．权利要求11-14中任一项的方法，其中通过使用所述可延伸的DNA片断进行扩增反应可实现步骤ⅳ)中的延伸。

16．权利要求11-15中任一项的方法，其中通过使用所述可延伸的DNA片断和引物进行扩增反应可实现步骤ⅳ)中的延伸。

17．权利要求1-10中任一项的方法，其中酶是连接酶。

18．权利要求17的方法，其中在报道寡核苷酸的存在下将可延伸的上游片断与连接酶保温。

19．权利要求18的方法，其中报道寡核苷酸是部分简并的。

20．上述任一权利要求的方法，其中通过杂交检测步骤ⅳ)中所产生的任何可延伸片断。

21．上述任一权利要求的方法可用于检测已知或未知的突变。

22．权利要求1的方法可用于基本上按上文所述鉴定核酸分子。

23．权利要求1-20中任一项的方法，其中该方法可通过检测DNA中C至T的转换来分析DNA的CpG含量。

24．权利要求1的方法可用于基本上按上文所述鉴定核酸分子。