[发明专利]标记核糖核酸的方法和由此获得的标记RNA片段

权利要求书

1．标记合成或天然核糖核酸(RNA)的方法，其特征在于它包括：

-将RNA片段化，和

-在位于所述RNA每个片段的3’端和/或5’端的末端磷酸水平上进行标记，所述末端磷酸是在片段化过程中释放的。

2．根据权利要求1的方法，其特征在于除了构成起始RNA 3’端的片段外该RNA每个片段的3’端都进行标记，和/或除了构成起始RNA 5’端的片段外该RNA每个片段的5’端都进行标记。

3．根据权利要求1或2的方法，其特征在于片段化和标记在一步中实现。

4．根据权利要求1或2的方法，其特征在于片段化和标记在两步中实现。

5．根据权利要求1至4之任一项的方法，其特征在于RNA片段3’或5’端的标记通过给核糖的2’、3’位或环化单磷酸2’-3’位的磷酸结合一个活性功能基团来实现，所述功能基团是标记所携带的或其随后能与标记相连。

6．根据权利要求1至5之任一项的方法，其特征在于RNA片段3’或5’端的标记通过给核糖的2’、3’位或环化单磷酸2’-3’位的磷酸结合一个亲核、亲电子或卤化功能基团来实现，所述功能基团是标记所携带的或其随后能与至少一个标记相连。

7．根据根据权利要求1至5之任一项的方法，其特征在于RNA的片段化是通过酶法、化学法或物理法实现的。

8．根据权利要求7的方法，其特征在于RNA的酶法片段化通过核酸酶来进行。

9．根据权利要求7的方法，其特征在于RNA的化学法片段化通过结合或不结合化学催化剂的金属阳离子来进行。

10．根据权利要求9的方法，其特征在于所述阳离子是Mg⁺⁺、Mn⁺⁺、Cu⁺⁺、Co⁺⁺、和/或Zn⁺⁺离子，而且化学催化剂是咪唑、取代类似物例如N-甲基咪唑、或任何对RNA具有亲合力并携带咪唑核和/或取代类似物的化学分子。

11．根据权利要求7的方法，其特征在于RNA的物理法片段化是通过超声或辐射实现的。

12．根据权利要求1至11任一项的方法，其特征在于RNA片段3’或5’端的标记通过给核糖的2’、3’位或环化单磷酸2’-3’位的磷酸结合一个R-X分子来实现，其中R是标记，X是标记与RNA之间的结合基团，例如羟基、胺、肼、烷氧基胺、烷基卤、苯基甲基卤、碘乙酰胺、或马来酰亚胺基团。

13．通过权利要求1至12之任一项的方法获得的RNA片段，其特征在于该RNA片段一方面包含在位于该RNA片段3’或5’端的末端磷酸水平上标记的单个核苷酸，所述末端磷酸是在片段化过程中释放的，另一方面还包括至少一个其碱基(嘌呤：腺嘌呤/鸟嘌呤或嘧啶：尿嘧啶/胞嘧啶)与标记核苷酸的碱基相同的另一核苷酸。

14．根据权利要求13的RNA片段，其特征在于它含有10-100个核苷酸，优选30-70个核苷酸，还优选40-60个核苷酸。

15．根据权利要求13或14的RNA片段，其特征在于该RNA片段包含至少一个硫代磷酸核苷酸。

16．根据权利要求15的RNA片段，其特征在于标记的核苷酸是硫代磷酸核苷酸。

17．根据权利要求13至16之任一项的RNA片段作为检测RNA和/或DNA或RNA片段和/或DNA片段的探针的应用。

18．根据权利要求13至16之任一项的RNA片段作为能接合捕获探针的标记靶标的应用。