[发明专利]靶向药物疗效相关基因mRNA表达水平检测液相芯片和检测方法

摘要

本发明公开了一种受体酪氨酸激酶抑制剂类靶向药物疗效相关基因mRNA表达水平检测液相芯片，所述检测液相芯片，主要包括有：与胺基修饰的支持探针偶联的微球；连接支持探针与目标基因mRNA的支持延伸探针，每条支持延伸探针包括5’端能与对应的目标基因mRNA结合的特异性序列、间隔臂序列、3’端能与对应的支持探针的特异性序列互补配对的序列；连接目标基因mRNA与信号检测组分间的扩增延伸探针，每条扩增延伸探针包括5’端能与目标基因mRNA结合的特异性序列、间隔臂序列、3’端能与标记探针互补配对的序列。本发明还公开了运用该液相芯片对受体酪氨酸激酶抑制剂类靶向药物疗效相关基因mRNA表达水平检测的方法。本发明检测过程无需RNA提取、逆转录、PCR等步骤，检测结果受样本中RNA的质量影响较小，保证了检测结果的准确性；另一方面，由于液相芯片技术使多指标并行检测成为了现实，在一次检测中可设置多个内参基因，使检测结果更为可靠。

主权项

一种受体酪氨酸激酶抑制剂类靶向药物疗效相关基因mRNA表达水平检测液相芯片，其特征是，主要包括有：(1)与胺基修饰的支持探针偶联的微球，每条支持探针主要包括5’端的间隔臂序列和3’端的与支持延伸探针互补配对的特异性序列P1，所述支持探针选自SEQ.NO.1-SEQ.NO.10，每个目标基因选用一种微球，每种微球具有不同的荧光编码；(2)连接支持探针与目标基因mRNA的支持延伸探针，每条支持延伸探针主要包括5’端能与对应的目标基因mRNA结合的特异性序列P2、间隔臂序列、3’端能与对应的支持探针的特异性序列P1互补配对的P3序列，所述支持延伸探针的特异性序列P2包括有：针对EGFR基因的选自SEQ.NO.11-SEQ.NO.16中的2条或2条以上、针对KIT基因的选自SEQ.NO.17-SEQ.NO.22中的2条或2条以上、针对IGF-1R基因的选自SEQ.NO.23-SEQ.NO.28中的2条或2条以上、针对VEGFR1基因的选自SEQ.NO.29-SEQ.NO.33中的2条或2条以上、针对VEGFR2基因的选自SEQ.NO.34-SEQ.NO.38中的2条或2条以上、针对PDGFRB基因的选自SEQ.NO.39-SEQ.NO.43中的2条或2条以上、和/或针对HER-2基因的选自SEQ.NO.44-SEQ.NO.48中的2条或2条以上；以及所述支持延伸探针的特异性序列P2还包括有：针对B2M基因的选自SEQ.NO.49-SEQ.NO.53中的2条或2条以上、针对TFRC基因的选自SEQ.NO.54-SEQ.NO.58中的2条或2条以上、和针对TBP基因的选自SEQ.NO.59-SEQ.NO.63中的2条或2条以上；(3)扩增延伸探针，每条扩增延伸探针包括有5’端能与目标基因mRNA结合的特异性序列P4、间隔臂序列、3’端序列P5，3’端还修饰有生物素；所述扩增延伸探针的特异性序列P4包括有：针对EGFR基因的选自SEQ.NO.64-SEQ.NO.76中的5条或5条以上、针对KIT基因的选自SEQ.NO.77-SEQ.NO.86中的5条或5条以上、针对IGF-1R基因的选自SEQ.NO.87-SEQ.NO.97中的5条或5条以上、针对VEGFR1基因的选自SEQ.NO.98-SEQ.NO.107中的5条或5条以上、针对VEGFR2基因的选自SEQ.NO.108-SEQ.NO.117中的5条或5条以上、针对PDGFRB基因的选自SEQ.NO.118-SEQ.NO.127中的5条或5条以上、针对HER-2基因的选自SEQ.NO.128-SEQ.NO.137中的5条或5条以上；以及所述扩增延伸探针的特异性序列P4还包括有：针对B2M基因的选自SEQ.NO.138-SEQ.NO.147中的5条或5条以上、针对TFRC基因的选自SEQ.NO.148-SEQ.NO.157中的5条或5条以上、和针对TBP基因的选自SEQ.NO.158-SEQ.NO.167中的5条或5条以上；所述P5为不存在发夹结构、探针内部和探针间不形成二聚体、不存在错配、与P1、P2、P3、P4和总mRNA之间均不存在非特异性结合的序列。