[发明专利]保持序列的DNA转化

摘要

本文描述了转化靶单链DNA(ssDNA)以便每个核苷酸(或碱基)腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)被转化成预定的寡核苷酸密码同时序列顺序在转化的ssDNA或RNA中得以保持的低成本高通量的方法。所述方法在循环过程中不需要使用DNA聚合酶并且涉及具有重复的连接和切割循环的寡核苷酸探针文库的用途。在每个循环中，切割例如ssDNA的靶的一端(例如，5′末端或3′末端)上的一个或多个核苷酸，然后将其与所述靶ssDNA的另一端上的相应寡核苷酸密码连接。

主权项

一种用于始于其3′末端转化靶单链DNA(ssDNA)分子以便将所述靶ssDNA分子的核苷酸腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)或胸腺嘧啶(T)转化成预定的寡核苷酸密码并且在转化过程中保持靶s sDNA的核苷酸顺序的方法。所述方法包括以下步骤：(a)将在其5′‑末端具有预先指定的序列5′‑x0、S1、S2、S3、S4、S5‑3′的靶ssDNA与包含多个寡核苷酸探针的探针文库接触，其中x0可以是A、C、G或T并且S1、S2、S3、S4、S5是预定的寡核苷酸密码(Xx)的前5个位置中的序列，其中每个探针包含双链DNA部分以及第一和第二单链悬突，其中所述双链DNA部分包含IIS型限制性内切酶的识别序列(R′/R)和唯一地对应于所述靶ssDNA中的待转化的核苷酸(x)的预定的寡核苷酸密码(X′x/Xx)，其中存在可特异性结合R′/R并且切割所述第二单链悬突内的所述识别序列的外侧的IIS型限制性内切酶，其中所述第一单链悬突包含与预定的寡核苷酸密码的前5个位置中的序列(5′‑S1、S2、S3、S4、S5‑3′)互补的序列5′‑S′5、S′4、S′3、S′2、S′1，紧接其后是由所述探针文库中全部4种核苷酸代表的位置(n)；其中具有序列5′‑x′、n、n、n、n、n‑3′的所述第二单链悬突包含与待转化的核苷酸(x)互补的核苷酸(x′)，紧接其后是由探针文库中全部4种核苷酸代表的5个位置，并且其中在允许所述文库中的多个探针之一结合所述靶ssDNA分子并且与其形成完全匹配的双链体的条件下进行接触；(b)利用连接酶将步骤(a)中所述结合的探针的更短的链的两端与所述靶ssDNA连接，从而形成环状分子；(c)将步骤(b)中所述连接的分子与特异性识别存在于步骤(a)中探针的所述双链DNA部分的序列(R′/R)的I I S型限制性内切酶接触，其中所述酶切割待转化的所述靶ssDNA的靶分子的3′末端上的至少一个核苷酸，从而从所述靶ssDNA分子的3′末端除去所述核苷酸；和(d)将在步骤(c)中被切割的所述探针‑靶ssDNA复合物的双链部分分离，并且从所述探针的未连接链上洗去所述寡核苷酸；其中步骤(a)‑(d)产生在其5′末端包含5′‑x、Xx、R‑3′的转化的靶ssDNA分子，其中Xx是对应于所述靶ssDNA的被转化的核苷酸x的预定的寡核苷酸密码。