[发明专利]南芥菜花叶病毒、菜豆黄花叶病毒和百合无症病毒是否侵染宿主的实时荧光RT-PCR检测方法

摘要

本发明公开了一种南芥菜花叶病毒、菜豆黄花叶病毒和百合无症病毒是否侵染宿主的实时荧光RT-PCR检测方法，本发明根据南芥菜花叶病毒、菜豆黄花叶病毒和百合无症病毒的RNA，设计特异性的扩增引物和荧光探针，并借助扩增引物和荧光探针对待鉴定病毒的RNA模板进行RT-Realt time PCR反应，通过实时对RT-Real time PCR产物的荧光检测，实现对宿主是否被南芥菜花叶病毒、菜豆黄花叶病毒或百合无症病毒侵染的快速检测。

主权项

南芥菜花叶病毒、菜豆黄花叶病毒和百合无症病毒是否侵染宿主的实时荧光RT-PCR检测方法，其特征在于包括如下步骤：a、从寄主上抽提出待检测病毒的总RNA；b、将总RNA稀释成RNA溶液；c、以RNA溶液作为模板，进行RT-Real time PCR反应；在RT-Real time PCR反应体系中包括扩增引物、荧光探针；其中扩增引物共三组，分别为引物ArMV、引物BYMV和引物LSV，分别具有如下序列：上游引物ArMV-F：5′-TTTATGCGATCTCGGGACCTA-3′，下游引物ArMV-R：5′-TTGCACAACCACTGGCATCT-3′，上游引物BYMV-F：5′-GGAGCAGGTGACATACCCTTTAA-3′，下游引物BYMV-R：5′-TCCGCAACTTCCGAGAAATG-3′，上游引物LSV-F：5′-GCAGCATTGAGTTTGAGAATGG-3′，下游引物LSV-R：5′-GTCCAGCGTGCTTCTTCATG-3′，引物ArMV、引物BYMV和引物LSV分别根据南芥菜花叶病毒、菜豆黄花叶病毒和百合无症病毒的高度保守衣壳蛋白基因序列设计，并且引物间不互作，其中荧光探针共三种，分别为探针ArMV-P、探针BYMV-P和探针LSV-P；其中探针ArMV-P是5′端5-羧基荧光素修饰、3′端5-羧基四甲基罗丹明修饰的序列：5′-FAM-TGCCCCAAGTGGAGAAACTGCA-TAMRA-3′，探针BYMV-P是5′端六氯-6-甲基荧光素修饰、3′端5-羧基四甲基罗丹明修饰的序列：5′-HEX-TGCAAAGCCAACATTCCGCCAAATA-TAMRA-3′，探针LSV-P是5′端5-羧基-X-罗丹明修饰、3′端暗粹灭剂修饰的序列：5′-ROX-CCGTCGACTCCATCGCTGCG-ECLIPSE-3′，探针ArMV-P、探针BYMV-P和探针LSV-P分别根据南芥菜花叶病毒、菜豆黄花叶病毒和百合无症病毒高度保守的衣壳蛋白基因序列设计；d、实时对RT-Real time PCR产物进行荧光阳性检测；e、根据荧光阳性检测结果，判断寄主是否被南芥菜花叶病毒、菜豆黄花叶病毒或百合无症病毒侵染，阳性表示寄主已经被南芥菜花叶病毒、菜豆黄花叶病毒或百合无症病毒侵染，反之阴性表示寄主没有被南芥菜花叶病毒、菜豆黄花叶病毒或百合无症病毒侵染。