[发明专利]一种皇佳吉鸡品种的分子生物学鉴定方法

摘要

本发明公开了一种皇佳吉鸡品种的分子生物学鉴定方法，其基于基因克隆和DNA测序技术准确获得皇佳吉鸡和受测鸡的线粒体DNA的COI基因序列，运用DnaSP4.10.7软件统计皇佳吉鸡和受测鸡的变异位点、单倍型、平均核苷酸差异、核苷酸分歧度和净遗传距离，运用生物学软件构建皇佳吉鸡和受测鸡的群体聚类图和单倍型系统发生树，根据构建的群体聚类图和单倍型系统发生树的结果确定皇佳吉鸡与受测鸡是否为同一品种。本发明利用品种间的遗传信息差异经软件精密计算和分析的结果鉴定真伪皇佳吉鸡品种，具有准确性高、鉴定时间短和成本低等特点。

主权项

一种皇佳吉鸡品种的分子生物学鉴定方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：(1)通过苯酚‑氯仿法分别提取皇佳吉鸡和受测鸡包括线粒体DNA的总DNA；(2)按照红色原鸡线粒体DNA的COI基因序列AP003322和丝羽乌骨鸡线粒体DNA的COI基因序列AB086102设计三对引物；所述引物的序列分别为：上游引物PF1：5’‑TACAGCCTAACGCTTCAACA‑3’；下游引物PR1：5’‑GGTTGCGGTCGGTAAGTAGT‑3’。上游引物PF2：5’‑GCCCATGCTTTCGTCATAA‑3’；下游引物PR2：5’‑TGGGATGGCGATGATTATTG‑3’。上游引物PF3：5’‑CGCCATCCCAACTGGTAT‑3’；下游引物PR3：5’‑GATGAGGCGTCTTGAAAG‑3’。(3)利用步骤(2)中所述引物对皇佳吉鸡线粒体DNA的COI基因进行PCR扩增，将扩增的产物克隆并在DNA测序仪上进行测序获得皇佳吉鸡线粒体DNA的COI基因的全序列；(4)根据步骤(3)中测得的皇佳吉鸡线粒体DNA的COI基因的全序列设计引物；所述引物的序列为：上游引物PF：5’‑GCACAGGATGGACAGTTTAC‑3’；下游引物PR：5’‑ATAGCATAGGGGGGTCTCAT‑3’。利用所述引物获取可用于品种鉴定的皇佳吉鸡COI基因中的一段基因序列，进行测序，并通过Chromas1.49软件准确读取测序结果；(5)利用步骤(4)中所述引物获取受测鸡与步骤(4)中测得的皇佳吉鸡COI基因中的一段基因序列相应的基因序列，进行测序，并通过Chromas1.49软件准确读取测序结果；(6)将步骤(4)获得的测序结果和步骤(5)获得的测序结果进行人工逐碱基读取和核对；(7)通过DnaSP4.10.7软件统计皇佳吉鸡和受测鸡的变异位点、单倍型、平均核苷酸差异、核苷酸分歧度和净遗传距离，并根据皇佳吉鸡和受测鸡的变异位点、单倍型、平均核苷酸差异、核苷酸分歧度和净遗传距离确定皇佳吉鸡和受测鸡基因序列的平均变异程度，若平均变异程度不大于2％则为同一品种，平均变异程度大于2％则为不同品种；(8)运用生物学软件构建皇佳吉鸡和受测鸡的群体聚类图和单倍型系统发生树，根据构建的群体聚类图和单倍型系统发生树的结果确定皇佳吉鸡与受测鸡是否为同一品种，若皇佳吉鸡与受测鸡的单倍型聚为一类则为同一品种，否则为不同品种。