[发明专利]碱基序列对准装置及其方法

摘要

本发明公开一种碱基序列对准装置及其方法，用于从参考序列中寻找与作为短片段序列的一部分的基准片段一致的基准位置，并以基准位置为基准而将参考序列与所述短片段序列相互映射。据此，可实现允许短片段序列中可能存在的所有变异和误差的对准，并能够在短片段序列的整个区域中寻找变异和误差，而且，与现有技术中的碱基序列对准技术不同而不允许反向跟踪(back tracking)，且可以用更少的计算量执行对准。

主权项

一种碱基序列对准方法，用于将短片段序列对准于参考序列，包括如下步骤：基准位置选择步骤，在参考序列上找出与包含基准片段和残余序列的短片段序列中的所述基准片段一致的基准位置；以所述基准位置为基准而将所述参考序列与所述残余序列相互映射；当所述基准片段与所述参考序列一致时，将所述基准片段作为映射片段进行存储，当所述映射片段满足数学式|Dr(M1,M2)‑DR(M1,M2)|<E‑E0时予以相互连接的步骤，其中，M1、M2为需要相互连接的映射片段，Dr(M1,M2)为短片段序列上的映射片段M1、M2之间的距离，DR(M1,M2)为参考序列上的映射片段M1、M2之间的距离，E是对短片段序列允许的误差允许值，E0为包含于映射片段中的误差值的总和，|Dr(M1,M2)‑DR(M1,M2)|是对Dr(M1,M2)与DR(M1,M2)的距离差的绝对值。