[发明专利]探针：反义探针组合物对高特异性DNA或RNA的检测

摘要

相互作用并标记的多核苷酸探针和反义探针和/或互补的靶探针，为我们提供了用于扩增或检测核酸的组合物及方法。这些组分的竞争性热力相互作用导致显示靶频率的信号变化，并且可以提供促成单碱基识别错误的检查功能。这些探针、反探针组合物能进行实时荧光定量PCR检测，终点检测和微生物的微阵列检测，耐药突变和癌症相关的变异。一些探针、反义探针在两个引物之间作为内部探针，一些作为引物探针。采用两个探针：反义探针系统检测同一模板的不同方面，以辨别或量化一些靶序列。还提供了增强靶扩增和检测特定单碱基变异的系统。探针也可通过引入一个碱基不匹配以增加相差一个碱基的正确与不正确的靶的热力学识别力而修饰。

主权项

1.一种同时扩增和选择性地检测靶核苷酸序列的探针系统，所述系统包括至少一种探针:反义探针系统，其包括：(a)包括与第一靶核苷酸序列互补的核苷酸序列的自由漂浮探针寡核苷酸，以及与其连接的第一标记部分；和(b)自由漂浮反义探针寡核苷酸，其包括附着于其上的减少或调节第一标记部分的信号的第二标记部分并包括除了在非末端、非中间位置有意插入的至少一个不匹配的碱基外与所述探针寡核苷酸完全互补的核苷酸序列，其中所述探针和反义探针被配置从而所述探针寡核苷酸和第一靶核苷酸序列的双链，以及所述探针寡核苷酸和反义探针寡核苷酸的双链，相差至少2千卡/摩尔的ΔG和至少4℃的Tm，从而该探针对第一靶核苷酸序列的在溶液中的亲和力高于该探针对所述反义探针寡核苷酸的在溶液中的亲和力，并且其中所述探针寡核苷酸和第二靶核苷酸序列的双链，以及所述探针寡核苷酸和第一靶核苷酸序列的双链，相差至少4千卡/摩尔的ΔG和至少8℃的Tm，从而该探针对所述反义探针的在溶液中的亲和力高于该探针寡核苷酸对第二靶核苷酸序列的在溶液中的亲和力，从而在溶液杂交条件下，所述探针寡核苷酸优先首先结合所述第一靶标，其次结合所述反义探针寡核苷酸，再次结合所述第二靶标，从而(i)在第一靶核苷酸序列存在时，所述探针寡核苷酸和所述第一靶核苷酸序列在溶液中形成双链，由此所述第一和第二标记部分不发生相互作用，从而提供了指示靶标检测的第一可检测信号；(ii)在所述第一靶核苷酸序列不存在时，该探针寡核苷酸和反义探针寡核苷酸在溶液中形成双链，其中所述第一和第二标记部分的确相互作用从而提供被减少或被调节的第二信号，其中所述第一信号和所述第二信号均是可检测的和可区分的；及(iii)在与所述第一靶核苷酸序列相差至少一个碱基不匹配的第二靶核苷酸序列存在时，探针寡核苷酸和反义探针寡核苷酸优先在溶液中形成双链，由此抑制所述探针寡核苷酸与第二靶核苷酸序列形成双链，和由此避免所述第二靶核苷酸序列的错误检测。