[发明专利]一种基于液相分子杂交原理的高通量低成本SNP分型方法

摘要

本发明提供了一种基于液相分子杂交原理的高通量低成本SNP分型方法，包括如下步骤：提取生物基因组DNA，并对其进行生物素标记；设计位点特异性杂交引物LSP1和LSP2，并将LSP2进行5’磷酸化；将LSP1混合物和LSP2混合物与基因组DNA杂交获得杂交吸附产物；进行延伸连接反应获得目的DNA片段；通用引物一轮PCR扩增；对回收的目的片段进行Barcode特异性引物PCR扩增；高通量测序；分析得到SNP位点分型信息。本发明所述方法将液相杂交技术的位点选择灵活性和高通量测序技术通量高、成本低的优势结合在一起，在SNP的大规模筛查、全基因组关联分析、群体多样性评价、基因功能分析等研究领域具有重大的应用价值和广泛的推广前景。

主权项

一种基于液相分子杂交原理的高通量低成本SNP分型方法，其特征在于所述方法包括以下步骤：1）提取生物基因组DNA，并对其进行生物素标记；2）根据生物已知SNP位点的侧翼序列，设计引物LSP1和LSP2，分别混合后得到引物LSP1混合物和引物LSP2混合物，并将引物LSP2混合物进行5’磷酸化；3）将所述引物LSP1混合物和引物LSP2混合物与生物基因组DNA杂交，并进行磁珠吸附获得杂交吸附产物；4）所述杂交吸附产物进行延伸连接反应获得目的DNA片段；5） 第一轮PCR扩增及目的DNA片段扩增，PCR扩增引物为测序平台通用配对引物5SLD和3SLD，或Slx‑1ST‑MpPrimer‑1和Slx‑1ST‑MpPrimer‑2；6）对目的DNA片段进行Barcode特异性引物二轮PCR扩增，PCR扩增引物为Multi‑P1和Barcode‑P2，或Slx‑2ND‑MpPrimer和Slx‑index‑Barcode；7）高通量测序；8）测序数据分析得到SNP位点分型信息。