[发明专利]基于3T-seq全基因组范围分析APA的方法有效
| 申请号： | 201410138517.7 | 申请日： | 2014-04-08 |
| 公开（公告）号： | CN103911449A | 公开（公告）日： | 2014-07-09 |
| 发明（设计）人： | 赵小东;邵志峰;康亚妮;赖登攀;吴俊 | 申请（专利权）人： | 上海交通大学 |
| 主分类号： | C12Q1/68 | 分类号： | C12Q1/68 |
| 代理公司： | 上海旭诚知识产权代理有限公司 31220 | 代理人： | 郑立 |
| 地址： | 200240 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种检测RNA PAS（Poly A Site）的方法，提供了一种基于3T-seq全基因组范围分析APA的方法，包括含有oligo dT的磁珠制备，即将5'端生物素修饰的oligo dT引物与带链霉亲和素的磁珠混合结合；用所述磁珠与总RNA混合，筛选含有Poly A的RNA；逆转录，双链cDNA第二链合成，双链cDNA断裂；移除Poly A结构；末端修饰后连接测序接头；文库回收。该方法减少了RNA水平操作，在DNA水平移除Poly A序列，消除Poly结构对测序的影响；选择双链DNA断裂酶处理，在不影响文库质量的基础上在DNA水平断裂；简化实验流程，降低实验难度和造价，使其应用范围更广。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 seq 基因组 范围 分析 apa 方法 | ||
【主权项】：
一种基于3T‑seq全基因组范围分析APA的方法，其特征在于，包括：（1）含有oligo dT引物的磁珠的制备；（2）用所述磁珠与总RNA混合，筛选含有Poly A的RNA；（3）逆转录，双链cDNA第二链合成，双链cDNA断裂；（4）在DNA水平移除Poly A结构；（5）末端修饰后连接测序接头；（6）文库回收及扩增。
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