[发明专利]考虑到准确度的碱基序列对准装置及方法在审
| 申请号： | 201410598987.1 | 申请日： | 2014-10-30 |
| 公开（公告）号： | CN104598768A | 公开（公告）日： | 2015-05-06 |
| 发明（设计）人： | 朴旻壻 | 申请（专利权）人： | 三星SDS株式会社 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 北京铭硕知识产权代理有限公司 11286 | 代理人： | 胡江海;孙昌浩 |
| 地址： | 韩国*** | 国省代码： | 韩国;KR |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 公开了一种考虑到准确度的碱基序列对准装置及方法。根据本发明的一个实施例的碱基序列对准装置，包括：种子提取单元，从短片段(read)提取与参考序列(reference sequence)精确匹配的一个以上的种子(seed)；映射分值计算单元，针对提取的所述一个以上的种子中的每个，在各个种子的所述参考序列中的各个映射位置以所述种子为中心将所述短片段的左侧区域及右侧区域分别映射到所述参考序列，并基于所述映射结果来计算所述各个映射位置的左侧映射分值及右侧映射分值；短片段对准单元，利用计算出的所述左侧映射分值及所述右侧映射分值来确定所述短片段在所述参考序列中的映射位置。 | ||
| 搜索关键词： | 考虑到 准确度 碱基 序列 对准 装置 方法 | ||
【主权项】：
一种碱基序列对准装置，包括：种子提取单元，从短片段提取与参考序列精确匹配的一个以上的种子；映射分值计算单元，针对提取的所述一个以上的种子中的每个，在各个种子的所述参考序列中的各个映射位置以所述种子为中心将所述短片段的左侧区域及右侧区域分别映射到所述参考序列，并基于所述映射结果来计算所述各个映射位置的左侧映射分值及右侧映射分值；短片段对准单元，利用计算出的所述左侧映射分值及所述右侧映射分值来确定所述短片段在所述参考序列中的映射位置。
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于三星SDS株式会社;，未经三星SDS株式会社;许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201410598987.1/，转载请声明来源钻瓜专利网。
- 同类专利
- 专利分类
G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
