[发明专利]一种基于SSR基因型的果树品种区分及特征指纹展示方法

摘要

本发明属于分子生物学的分子标记领域，公开了一种基于SSR基因型的果树品种区分及特征指纹展示方法。该方法通过选择多态性高的SSR引物，对果树品种进行PCR扩增，经电泳检测后，统计各品种在SSR位点的基因型，利用WPS或Excel等数据处理软件整合处理，查找各品种的特征基因型，并标示，最终形成一张包含完整SSR位点信息和各品种基因型数据的，能直观反映各品种间图谱关系的果树品种SSR特征指纹数据表。该方法对没有指纹数据的果树品种进行SSR标记区分时，仅需对前一对SSR引物不能区分开的品种继续进行SSR扩增和排序，操作简便，检测结果准确可靠、稳定高效，更重要的是品种特征指纹表的内容还可由其他研究者进行不断地充实，应用前景广阔。

主权项

1.一种基于SSR基因型的梨树品种区分及特征指纹展示方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：梨树品种为：白皮酥、高平大黄、汉源大白梨、冀蜜、金川雪梨、金华早、晋州大鸭梨、彬县老遗生、巨鹿小木梨、苹果梨、胎黄梨、天生伏、泊头大鸭梨、万荣金梨、香茌、香水、孝义伏、兴隆麻梨、雪花、鸭梨、赵县大鸭梨、郑家梨、薄山池梨、茌梨、崇化大、砀山酥、利布林、日面红、身不知、绿安久、外引红梨、八月红、花红梨、火把、龙泉酥、鲁南黄皮水、马蹄黄、苍溪雪梨、蒲瓜梨、水葫芦、巍山红雪梨、文山红雪梨、袖珍、云南黄酸梨、大叶雪、德胜香梨、福安尖把、赤穗、二十世纪、江岛、太白、晚三吉、新世纪、新水、早生赤、红糖梨、红霄梨、满园香、面酸梨、南果、庶梨、酥梅、洋红霄、窑酸梨、海棠酥、黄句句梨、霍城冬黄梨、霍城黄句句、库尔勒香梨、兰州长把、酸秤砣、兴义海子梨；以等位基因数量多，多态性高，稳定性好为标准，筛选用于梨树品种鉴定的如下12对SSR引物；梨树品种经PCR扩增，PCR产物经电泳检测后，按照“小分子量/大分子量”的格式，统计梨树品种在各SSR位点的基因型；将统计的基因型数据按照“品种名”和“SSR位点”录入数据处理软件整合处理，形成梨树品种SSR特征指纹数据表；对没有指纹数据的梨树品种进行SSR标记区分时，仅需对前一对SSR引物不能区分开的品种继续进行SSR扩增和排序即可；进行相应梨树品种鉴别时，只需按顺序考察比对SSR特征指纹数据表中相应SSR位点的基因型数据即可，其中，所述SSR特征指纹数据表中，SSR核心引物位点为CH04h02、KA16以及NB105a；所述数据处理软件整合处理包括：新增一条“基因型数目”的记录，统计各SSR位点在梨树品种中的基因型数目；根据“基因型数目”由多到少以降序形式调整SSR位点字段的排列位置，使基因型数目多的SSR位点排前面，少的排后面；将梨树品种以某SSR位点为关键字排序，并标示SSR位点中唯一的基因型作为品种区分，直至所有梨树品种均被标示区分为止；若所有SSR位点均已排序仍存在不能区分的梨树品种，整合处理终止，指示返回增加SSR引物以进行区分，直至所有梨树品种均被标示区分为止；将冗余SSR位点剪切到所有SSR位点之后，并去除标示；在最后两个标示位点区分的品种中对所有未标示的SSR位点进行重复项查找，将未找到重复项的SSR位点剪切到这两个SSR位点之前，取代相应两个SSR位点，并标示；去除被取代的SSR位点的标示；重复上述步骤用以优化，以达到用尽可能少的SSR引物位点区分梨树品种；其中，所述以某SSR位点为关键字排序时，按照各位点基因型数目权重，逐个SSR位点或以3个SSR位点为单位分批进行，上一批位点排序后未区分的品种进入下一批位点排序，直至所有品种都能被区分。