[发明专利]基于基因组测序的体细胞突变位点挖掘方法

摘要

本发明公开了一种基于基因组测序的体细胞突变位点挖掘方法。本发明通过对野生型柚和突变型柚的各个组织的深度重测序，对得到的高质量的测序reads和甜橙基因组进行比对获得各组材料的单核苷酸多态性位点(SNP)。基于这些全基因组分布的SNP位点，对野生型柚和突变型柚设计case-control型的关联分析，得到突变相关的候选位点，对这些候选位点进行注释，并推测性状相关变异发生的染色体区域，最后利用Sanger测序方法对候选位点进行验证，获得了突变型柚的变异位点。该方法最大的优势在于低成本、周期短。完成一个突变体突变位点挖掘的成本在2万元左右，在3个月时间内可完成，体现了基因组前沿技术和柑橘传统育种研究的结合与创新探索。本发明还公开了所述方法的开发及应用。

主权项

一种基于基因组测序的体细胞突变位点挖掘方法，其特征在于：包括以下步骤：1)首先对野生型柚和突变型柚的果皮、果肉各个组织进行深度30X的DNA重测序，并对得到的数据进行质量检测，去除其中低质量的部分，得到各组材料高质量的测序reads；2)然后以已发布的甜橙基因组为参考基因组，使用软件BWA将各组reads比对到基因组上；再使用samtools/GATK进行SNP calling和genotyping，得到各组材料的多态性位点；3)根据检测到的所有的SNP的信息，使用熵权法对SNP的QUAL、DP和MQ属性赋权值，从而计算出各组材料各个SNP位点的Q值；并综合衡量该处SNP的可靠性；将野生型柚和突变型柚中的SNP的Q值进行对应比较，4)采用wilcoxon秩检验，并用BH法对p值进行校正，找到野生型柚和突变型柚中Q值显著不同即可靠的SNP位点；对上述找到的SNP位点，对野生型柚和突变型柚设计case‑control型的关联分析，得到突变相关的候选位点；对找到的候选SNP位点进行注释，并推测性状相关变异发生的染色体区域；5)最后利用Sanger测序方法对候选位点进行实验验证。