[发明专利]船舶压载水微生物总DNA提取及多样性分析的方法

摘要

本发明公开了一种船舶压载水微生物总DNA提取及多样性分析的方法；本发明根据船舶压载水的特性，使用3μm和0.22μm微孔滤膜的两级过滤和冷冻固定，加固了微生物在滤膜上的附着，使用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)处理得到的微生物总DNA纯度达到直接进行后续分子生物学研究的需要，提取的DNA片段可进行16SrDNA的扩增及变性梯度凝胶电泳(DGGE)，将电泳图进行数字化分析后可判断船舶压载水微生物种群多样性程度，通过将特异条带切胶回收、克隆测序并进行BLAST序列比对，得到压载水优势菌群的种类，从而确定微生物群落结构组成，为今后研究船舶压载水及沉积物中微生物多样性与生态功能奠定基础。

主权项

一种船舶压载水微生物总DNA提取及多样性分析的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：1)收集船舶不同压载舱压载水样品；2)对船舶压载水样品进行预处理；3)提取预处理后样品中微生物总DNA；4)对粗提DNA进行琼脂糖凝胶电泳检测，得粗提压载水微生物总DNA琼脂糖凝胶电泳图，判断总DNA提取是否成功；5)以提取的总DNA为模板，在专用引物的引导下进行PCR扩增；所述专用引物的序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示；6)对PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测，得PCR扩增产物琼脂糖凝胶电泳图，并判断总DNA片段在专用引物的引导下是否扩增成功；7)将PCR扩增产物进行变性梯度凝胶电泳，得变性梯度凝胶电泳分离电泳图，判断船舶压载水微生物种群多样性程度和压载水优势菌群的种类，分析船舶压载水微生物多样性；步骤2)中所述预处理包括依次使用3μm和0.22μm微孔滤膜进行两级过滤抽取微生物、冷冻固定；步骤3)中所述的提取是使用体积质量比为2％十六烷基三甲基溴化铵处理样品后，使用3S DNAIsolation提取试剂盒进行提取。