[发明专利]一种非诊断目的的粪便微生物耐药性基因的检测方法

摘要

本发明公开了一种非诊断目的的粪便微生物耐药性基因的检测方法。所述方法包括：确定耐药性基因、内源标准基因和外源标准基因；制备多重扩增引物；向待测样品中加入外源核酸，得到混合样品并提取基因组；向基因组中加入外源标准基因，获得混合核酸；扩增混合核酸，利用扩增产物构建高通量测序文库并进行高通量测序，得到测序片段组；分析所述测序片段组，并根据获得的外源标准基因和内源标准基因的测序片段的数量，判断实验是否成功；若实验成功，则计算耐药性基因的含量；根据耐药性基因的含量判定待测样品是否含有耐药性基因。所述方法可以一次性定量检测任意微生物中的任意多种希望检测的耐药性基因，且检测不需要培养与纯化微生物，速度快，结果准确可靠。

主权项

1.一种非诊断目的的粪便微生物耐药性基因的检测方法，其特征在于，所述方法包括：/n确定待测样品中需要检测的微生物的耐药性基因、所述待测样品中的内源标准基因和所述待测样品的外源标准基因，所述待测样品为粪便；/n制备用于扩增所述耐药性基因、所述内源标准基因和所述外源标准基因的测试区域的多重扩增引物；/n向所述待测样品中加入所述多重扩增引物不能扩增的外源核酸，得到混合样品；/n提取所述混合样品的基因组；/n向所述混合样品的基因组中加入所述外源标准基因，获得混合核酸；/n利用所述多重扩增引物对所述混合核酸进行扩增，得到扩增产物，利用所述扩增产物构建高通量测序文库；/n对所述高通量测序文库进行高通量测序，得到测序片段组；/n分析所述测序片段组，获得所述待测样品中所述耐药性基因的测序片段的数量、所述内源标准基因的测序片段的数量和所述外源标准基因的测序片段的数量，所述外源标准基因的质量与所述混合样品的基因组的总质量的比例大于1/100000；/n根据所述外源标准基因的测序片段的数量和所述内源标准基因的测序片段的数量，判断实验是否成功，所述判断实验是否成功的方法为：当所述外源标准基因的测序片段的数量和所述内源标准基因的测序片段的数量均≥α1时，则实验成功；当所述外源标准基因的测序片段的数量或所述内源标准基因的测序片段的数量<α1时，则实验失败；其中，α1为判定阈值；/n若所述实验成功，则计算所述待测样品中所述耐药性基因的含量，计算所述待测样品中所述耐药性基因的含量的方法为：第m种所述耐药性基因的含量的计算公式为