[发明专利]一种基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法有效
| 申请号： | 201610072778.2 | 申请日： | 2016-02-02 |
| 公开（公告）号： | CN105695572B | 公开（公告）日： | 2021-02-23 |
| 发明（设计）人： | 张殿昌;朱克诚;刘田田;江世贵;张楠;郭华阳 | 申请（专利权）人： | 中国水产科学研究院南海水产研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/6858 | 分类号： | C12Q1/6858;C12N15/10 |
| 代理公司： | 广州知友专利商标代理有限公司 44104 | 代理人： | 宣国华;马赟斋 |
| 地址： | 510300 广东*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，包括以下步骤：(1)选取至少3个待开发样品，分别提取待开发样品的DNA；(2)对各待开发样品的DNA样品进行酶切并构建测序文库并测序；(3)所有待开发样品的基因组混合后进行组装获得Contigs；(4)利用Contigs与各待开发样品个体序列进行比对，根据Indel和SSR的位点信息，获得内部存在Indel的SSR位点，作为候选多态性SSR位点；(5)根据获得的候选多态性SSR位点设计引物，PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰条带，作为待验证分子标记引物；(6)利用所得的分子标记引物，PCR扩增不同的待开发样品，选取具有多样性的分子标记，获得分子标记。该方法提高分子标记开发的效率，且开发的SSR分子标记能高效应用于遗传学、增殖放流评估等方面的研究。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 indel ssr 技术 大批量 高效 开发 分子 标记 方法 | ||
【主权项】：
一种基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，其特征是，包括以下步骤：(1)选取至少3个待开发样品，分别提取待开发样品的DNA；(2)对各待开发样品的DNA样品进行酶切并构建测序文库并测序；(3)所有待开发样品的基因组混合后进行组装获得Contigs；(4)利用Contigs与各待开发样品个体序列进行比对，检测出SNP、Indel变异信息以及SSR位点，并根据Indel和SSR的位点信息，获得内部存在Indel的SSR位点，作为候选多态性SSR位点；(5)根据步骤(4)获得的候选多态性SSR位点设计引物，PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰条带，作为待验证分子标记引物；(6)利用步骤(5)所得的分子标记引物，PCR扩增不同的待开发样品，选取具有多样性的分子标记，获得分子标记。
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