[发明专利]一种基于Primer3的bPrimer批量PCR引物设计方法

摘要

本发明提供了一种基于Primer3的bPrimer批量PCR引物设计方法，所述方法包括：获取目标DNA序列的原始序列；提取DNA多态性数据中的高频多态性位点；对所述高频多态性位点进行标记；输出标记高频多态性位点的注释序列，所述注释序列和所述原始序列的碱基长度相同；读取所述注释序列，并生成候选引物；筛选候选引物等。本发明提供的基于Primer3的bPrimer批量PCR引物设计方法能够回避高频多态性位点，减少因目标人群遗传多样性而导致的扩增失败；能够批量检测引物的特异性，减少非特异扩增、引物二聚体等原因导致的扩增失败；能够用于评估现有引物的特异性；能够对长目标片段进行自动分割。

主权项

1.一种基于Primer3的bPrimer批量PCR引物设计方法，其特征在于，所述Primer3为Primer3开源PCR引物设计软件；所述方法包括：S01：获取目标DNA序列的原始序列；所述获取目标DNA序列的原始序列包括：构建目标DNA序列的坐标文件，并使所述坐标文件的每一行包括一个基因组坐标；所述坐标文件形成所述目标DNA序列的原始序列；S02：依据所述目标DNA序列的原始序列提取DNA多态性数据中的高频多态性位点；所述高频多态性位点包括单核苷酸高频多态性位点和插入缺失标记位点；S03：对所述高频多态性位点进行标记；S04：输出标记高频多态性位点的注释序列，所述注释序列和所述原始序列的碱基长度相同；S05：读取所述注释序列，并计算解链温度和批量生成候选引物；S06：筛选候选引物，得到引物。