[发明专利]一种斑节对虾comp233406微卫星标记候选序列的筛选方法在审
| 申请号： | 201810010909.3 | 申请日： | 2018-01-05 |
| 公开（公告）号： | CN108285924A | 公开（公告）日： | 2018-07-17 |
| 发明（设计）人： | 钟声平;赵艳飞;宋志飞;王贤丰 | 申请（专利权）人： | 广西壮族自治区海洋研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/6888 | 分类号： | C12Q1/6888;C12Q1/6858 |
| 代理公司： | 北海市佳旺专利代理事务所(普通合伙) 45115 | 代理人： | 黄建中 |
| 地址： | 536000 广西壮*** | 国省代码： | 广西;45 |
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| 摘要： | 本发明公开的是一种斑节对虾comp233406微卫星标记候选序列的筛选方法，包括以下步骤：（1）筛选候选序列（2）筛选候选微卫星位点（3）设计特异性引物。本发明在没有已知的斑节对虾基因组DNA微卫星多态性位点的信息下，通过转录组混合样测序，构建转录序列，利用生物信息学分析筛选comp233406微卫星标记多态性位点；为斑节对虾comp233406微卫星标记多态性筛选及检测打下基本，在此基本上可采用软件primer 3设计特异性引物，不仅可便捷的通过聚丙酰胺凝胶电泳完成斑节对虾comp233406微卫星标记多态性检测、验证及基因分型，而且筛选检测费用低、操作简便快速。 | ||
| 搜索关键词： | 微卫星标记 斑节对虾 筛选 候选序列 特异性引物 聚丙酰胺凝胶电泳 生物信息学分析 微卫星多态性 多态性检测 多态性筛选 多态性位点 微卫星位点 基因组DNA 基因分型 转录序列 混合样 转录组 检测 测序 构建 位点 验证 | ||
【主权项】：
1.一种斑节对虾comp233406微卫星标记候选序列的筛选方法，其特征在于所述方法包括以下具体技术步骤：（1）筛选候选序列：提取20个斑节对虾个体的头胸甲总RNA，混合样品进行转录组测序，拼接斑节对虾头胸甲参考转录本，使用软件SciRoKo 3.4检索转录本，检索出含有微卫星序列的unigenes，并筛选微卫星核心序列重复次数超过6次的位点为候选序列；（2）筛选候选微卫星位点：其候选comp233997的基因序列为：GAGGACGCGGATCATCGTCGTCGTTGTCGGGAAGAGGACGCGGATCATCATTGTCGTCGTCGTCGGGAAGACAGTAGAGCTTTTGGATCGTCGTTGTCATCAGGAAATGCAGAGGCTTTGAATCGTTGTCCTCGCCATTGGGAAGGGATTGCATTGTAGATGTGAATGAACGTCCTCGTCGGTTGTCGTCGGCAAGGGAGAAGGGTCGGGAACAAATCGTCATCGTTGGGAATGTAGAAGAGGTGGATGCTCTCGCCGTTGGAATAGGAGAGGACGTGGGCTGCTGTTTTATTATTATTATTATTATTAGGAAAGGACACCGATGTGAGAATCGTTTGAGCGTGAAAAAGATGAATGCAAAGTGTCAACTAACTTAGGGAAAGTGTAGAAAAGCATTTCAGTAAAAGCACATACTCCTACCAGGAACAGGGGAAGAAGTAGGTTTTGTCTATGCTAATATGGCTTTCTGCTCAGTGTAGTTGTCTACCAGATAAGTGCATAGAGAATGTGTTGGGGGTTCTGCTAGGCTAATGTTGTCTGAGGATTCAGTTTCGCTTTGGCAGTTTTGCATTGGAGAAAAAACCGTTGTGCACAAGTTGCCCTGTAATGTGAATCGTTTACAAAGAAATGTATTATTCAAGTGTATGCATCTTATGGTTCAGAATTGAAAGACGGACAAAAAAGCCGGGTGCCAGTGTTTGTTCCCAGTACTTAATCAATGATTTTGACATTTGCTATTATTGTTGTCATCAGCTCTGCAAATATCTATAGTTAGAAAATCCGTTTCCTCCAAGGTTCATCAGCTCTGCAAATGATCCATAAGAAAATATCGAAAATCAGACTAGTCACTGTTTCCTTCAAAGGCTGTTACTCATCGTCGCTTTGAATGCTGGTAACCATTTGCCGATCATCAGAGGTTCCCGTAGTGATTGCGGTTGCAGACCGAATGCTGCAATGGGCATTGTCTATTACCACGTCTTCAGAATGCTGTGGTGTAAGTCATCATATCTTAAGTAAAGAAGACTTGCTGTTGCCGTTCATTACATATAAAACTGTGGTTCAGTTCTGAGGTTGCCACCGTCGATCATCACATCTTGGATGCTGAATCAACAATCGTCACTGCCTGTGCAGTACTCTGCCTATCTGTGGGTCGTTGCCGTCTACGCTTGACGTCATGTATGGGGTGCTGGTCGCCGTCTTTGATGAGGTTGGAACAGCGCCTTTGATCATCTTCAAGTTCGATTGCGACCCGAAGAATTCTGGGTGTCTGCATTCTGTCAACAAATGTGTGAAAAGGTGAAGACTTCGATAAAGGTAAGGTTAATGTATCCATCTATACTTAAGGGTAAGTATGAACTGTTTCTTTCTGATGTATTTTCCAAAGAAAAGTAGAGCGAGATGTAGCCTACTAAAGATATTAGTATGTGGGTCCTCTCTACTTTTGCTGAAGTGATTTTTTTTTTTTTCCTTTTTTCTCAAAGTTGGAAGGGTTACAGTAATTTTACACTTTCACTTACATTTCAACTGTCTTCATTCATCATATACTTTCACCCAAATTCACCAATTCCAGGTTCCCCCTTTTGGCTTGATTGTTGTGGCTGTGGGTCGAGCGAGCCAGACACTTTCCTTGGCAGTAGAATGTATCGGGGTTACAAGCGGCAGCATCTGTAGGCCTTGGACGGGACAAGACGAAGCACCAGTAGACATAGCAGACTCGGCAGAAGGGGTCAAGAGGCGATTAAGTTAATGTTTCACATCAGCAGGCAAACACTTTGCGGAAAGTATAGGTGACGTGGGATTAGCTTACCCAAAATGATGTAGGCTTGCAGTTATTACTGATTGCAAGTGCGTATTTATGTATTTCAAGAAAATGTGAACACCGGACCGTCGTAAGTCTTCGCAGCTAAACGTTGAATATCTTCACTATGATGAACACTTGAACACGATTTGATTATTGGAGTGTTTTAATGGTATTTTATTTGTAGTCTGCCTACAAGTGTGTTCTAGAGAAAAAAATCAATATTGAAACATTGAACACTTTCGTGTATTGGAAAAGCCATATTATGTGGCAAATTATTCATCAGAGATAATTGGCAACATATATTTTCTTTGGATAAATTACTTGCTTACCGTGGAATCTTGTGCATGAGGCTGTGGCACTCTTGATTGATCACTTTGGCAGCATTAGCTGGCAAGGTCGGTGTTCTGCAGTCTACATGCACATACAAAATAGGAGAACCCCCTAGCCTGTTCCAGAGTCTACCTTGGGATTTTAAGAGTAATGCTACGTGGACCTCCGGCTTCAGACCTTCGTTAGTAACAAGATCGTCCCATCGTCACAGGGTTGGATAATTTTAATCTACATTCACTGCCCAGCTCAACTTTGGAATTCCCAAGTTTATTTCTTCGAATACTTCTGCAGATACTACTATCTGCATTATCCCCTATAGGAACCTGCACCTATTATCATCATGATCTTCATATCTACATGCATCAGCATACTTCCCATCTACATTGACGTACTCCACAATCAGCACCGGTCATACAACCTGCACAACCTTCATTAACATCTTTGTTTTCCTGTCAGCTCTACCAAATCTGAAAAATAAATCGCAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAA，其中加粗、加下划线的碱基为候选comp233406微卫星标记位点；（3）设计特异性引物采用软件primer 3设计微卫星comp233406位点的特异性引物，其正链引物：5’‑ GATGTGAATGAACGTCCT ‑3’，负链引物：5’‑ TTTTCACGCTCAAACGAT ‑3’。
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