[发明专利]一种日本囊对虾2种形态变异体候选序列的筛选方法

摘要

本发明公开的是一种日本囊对虾2种形态变异体候选序列的筛选方法，包括以下步骤：（1）构建日本囊对虾肝胰腺参考转录本，筛选候选序列（2）筛选候选SNP位点（3）设计特异性引物。本发明可以在没有已知的日本囊对虾基因组DNA单核苷酸多态性位点的信息下，通过转录组混合样测序，利用生物信息学分析筛选其候选单核苷酸多态性位点；为识别日本囊对虾2种形态变异体的分子标记打下基础，在此基础上通过不同群体混合基因池策略筛选群体特有的单核苷酸多态性标记，可方便、快捷的通过聚丙酰胺凝胶电泳进行日本囊对虾2种不同形态变异体鉴别和检测；具有筛选、检测费用低、操作简便并且可以鉴别形态差异不显著的幼体等优点。

主权项

1.一种日本囊对虾2种形态变异体候选序列的筛选方法，其特征在于所述方法包括下述具体技术步骤：（1）构建日本囊对虾肝胰腺参考转录本，筛选候选序列：提取20尾日本囊对虾个体的肝胰腺总RNA，混合样品进行转录组测序，拼接日本囊对虾肝胰腺参考转录本，map短序列到参考转录本筛查单核苷酸多态性位点，并筛选map质量分数大于40、次要等位基因频数在200以上及次要等位基因频率高于20%的位点为候选序列；(2)筛选候选SNP位点：其候选comp10991的基因序列为：GCCGCAGCCAAGAGCACTACCAGTATTCACTCCTCTCCAGTCATAAGCAATGCTGAGGGTCGTGCCTCTGGTAGTGCTCTTGGCTGCGGCCTCACTGGCGCAGTGGGATCCCAACTCTAGCAATGGACAAGCTATCGTCCACTTGTTTGAGTGGAAGTGGCCGGACATCGCCGCCGAATGCGAGAACTTCTTAGGTCCTCGTGGATTCGCCGGCGTTCAGGTATCACCACCTAACGAGTATGTGGAGGTGTACCAAGGAGAGGTGAAGCGGCCGTGGTGGGAGAGGTACCAACCCGTCTCCTACAAGCTCGTCACTCGCTCCGGTGATGAAAATGCCTTCAAGGACATGGTCACCCGCTGCAACAACGTGGGAGTCAAGATCTACGTAGATATTGTGATGAACCACATGTCTGGCGGTTGGCCCCAAGGCACAGGAGGTTCCGGGGGATCCTCCTTTGACTCTGGCGCACAATCCTACCCAGGTGTTCCCTATTCCGCCTTCGACTTCAACGACGGCAACTGCCACACTGGATCCGGAAACATTGAAAACTACGGAGACGCCAATCAGGTGCGCAATTGCAAGCTGGTCGGGCTGAACGACTTGAACCAAGGCACCGACTACGTCCGAGGCAAAATCAGGGACTACTTGAACACGCTCATTGGCTACGGTGTGGCTGGCTTCCGAATCGACGCCAGCAAGCACATGTGGCCGGGGGACATGAAGGCCATATTCGATAGCCTGAACAACCTCAACACTGATTTCTTCAAGGCCGGTTCCAGACCTTTCATCTTCCAAGAAGTCATTGACCTGGGTGGCGAAGCCATATCCGGCCAAGAATACGTTGGCAACGGTCGCGTGACTGAGTTCAGGTACGGAAAGTACTTGGGCGAGGCCTTCCGCGGCAACAACCAGCTACAATACCTCAAGAACTTCGGCGAAGACTGGGGCATGATGGACAGGGCTAATGCACTGGTCTTTATTGACAACCATGACAACCAGCGAGGCCATGG，其中加粗、加下划线的碱基为候选C553T_SNP位点；（3）设计特异性引物：采用PAMSA（PCR amplification of multiple specific alleles）方法设计特异性引物，其正链引物一：5’‑ GGGGGGGATCCGGAAACATTGAAAACGAC ‑3’；正链引物二：5’‑ ATTTATATGGGGGGGATCCGGAAACATTGAAAAATAT‑3’，负链引物：5’‑ CCCTGATTTTGCCTCGGACGTA ‑3’。