[发明专利]一种基于碱基淬灭荧光原理实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法

摘要

一种基于碱基淬灭荧光原理实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法属于分子生物学领域，包括：将已获得长链核酸适配体分成若干个含有G碱基的段；对含有G碱基的段分别设计互补序列，使互补序列的3’端的对位有突出的G碱基；设计合适的互补短链的长度；将核酸适配体与靶标分子在结合溶液中反应后，加入荧光素标记的互补短链，根据荧光强度判断各个区域对结合的影响，判断结合区域；以与中心结合区域互补的探针为指示，通过截短、分割等手段获得能与靶标分子结合的最短核酸序列。本发明优化方法更快速，所需标记的荧光序列少，标记荧光探针具有通用性，可同时对多条核酸序列进行优化及新设计的核酸适配体序列进行结合能力进行表征。

主权项

1.一种基于碱基淬灭荧光原理实现低成本高通量核酸适配体最优序列的优化方法，其特征在于以下步骤：(1)将已获得长链核酸适配体作为候选核酸适配体，分成若干个含有G碱基的段，其中每一个段至少含有一个G碱基；(2)对第一步得到的若干个含有G碱基的段分别设计互补序列，使得互补序列的3’端的对位有G碱基；(3)根据核酸适配体与靶标分子的结合能力，设计合适的互补短链的长度，并对互补短链进行荧光素标记；(4)室温下，将核酸适配体与靶标分子在结合溶液中反应5‑30分钟后，加入荧光素标记的互补短链，根据荧光强度判断各个区域对结合的影响，判断结合区域；所述的结合溶液包括溶剂和溶质，其中，溶剂为水；溶质包括NaCl，钙离子或镁离子，Tris‑HCl缓冲溶液，表面活性剂；(5)以与中心结合区域互补的探针为指示，通过截短、分割手段获得能与靶标分子结合的最短核酸序列，作为解析序列；所述的解析序列的长度范围根据候选核酸适配体的不同进行调整。