[发明专利]用于鉴定辣椒熟性的InDel分子标记及其应用

摘要

本发明提供一种用于鉴定辣椒熟性的InDel分子标记及其应用。本发明基于特早熟辣椒自交系B9431和晚熟自交系A145构建F2群体，运用BSR‑Seq(Bulked Segregant RNA‑Seq)技术，快速鉴定控制始花节位的染色体位点，针对该位点特定InDel开发分子标记(SEQ ID NO:4)，利用该分子标记可在苗期快速、准确筛选出始花节位1‑4节的早熟基因型辣椒和始花节位＞4的晚熟基因型辣椒，实现辣椒熟性育种分子标记辅助选择，提高育种选择效率，在辣椒熟性育种中具有重要应用价值。

主权项

1.用于鉴定辣椒熟性的InDel分子标记，其特征在于，所述InDel分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示。

2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，具有所述InDel分子标记插入片段的纯合基因型对应的辣椒早熟，缺失所述插入片段的纯合基因型或杂合基因型对应的辣椒晚熟。

3.用于检测权利要求1或2所述分子标记的引物，其特征在于，包括正向引物FFN1‑5UF5、反向引物FFN1‑e1R1和反向引物FFN1‑PA‑R，引物序列分别如SEQ ID NO:1‑3所示。

4.权利要求1或2所述分子标记，或者权利要求3所述引物在鉴定辣椒熟性中的应用。

5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：

1)提取待测辣椒的基因组DNA；

2)以待测辣椒的基因组DNA为模板，利用权利要求3所述引物，进行PCR扩增反应；

3)分析PCR扩增产物。

6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，步骤2)中PCR扩增反应使用的反应体系为：2×Es Taq MasterMix 5μL，10μM正向引物FFN1‑5UF5和10μM反向引物FFN1‑e1R1各0.08μL，10μM反向引物FFN1‑PA‑R 0.4μL，80‑200ng/μL DNA模板0.6μL，ddH₂O 3.84μL。

7.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，步骤2)PCR反应程序：95℃预变性2min；95℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸40s，38个循环；72℃延伸10min。

8.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，步骤3)采用琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物：如果扩增结果出现一条大小为830bp的特征条带，则判定待测辣椒为早熟材料；如果扩增结果出现一条大小为380bp的特征条带，则判定待测辣椒为具有纯合基因型的晚熟材料；如果扩增结果出现830bp和380bp两条特征条带，则判定待测辣椒为具有杂合基因型的晚熟材料。

9.权利要求1或2所述分子标记，或者权利要求3所述引物在辣椒分子标记辅助育种中的应用。

10.含有权利要求3所述引物的检测试剂或试剂盒。