[发明专利]全基因组肿瘤突变负荷预测方法、设备以及存储介质有效
申请号: | 201810264479.8 | 申请日: | 2018-03-28 |
公开(公告)号: | CN108009400B | 公开(公告)日: | 2018-07-06 |
发明(设计)人: | 施巍炜;王凯;秦公炜;张鹏 | 申请(专利权)人: | 至本医疗科技(上海)有限公司 |
主分类号: | G06F19/18 | 分类号: | G06F19/18;G06F19/24 |
代理公司: | 上海百一领御专利代理事务所(普通合伙) 31243 | 代理人: | 王奎宇;甘章乖 |
地址: | 200120 上海市浦东新区(*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | 本发明提供了一种全基因组肿瘤突变负荷预测方法、设备以及存储介质,其中的全基因组肿瘤突变负荷预测方法,其特征在于,包括以下步骤:存储用于预测全基因组肿瘤突变负荷的预测模型;获取基于样本探针的突变负荷获得过程得到的目标区域的目标肿瘤突变负荷;预测待测样本的全基因组肿瘤突变负荷,其中,采用预测模型,基于获取的目标肿瘤突变负荷的输入,预测得到待测样本的全基因组肿瘤突变负荷,预测模型的公式为:y=ax+b,式中,y为预测得到的全基因组肿瘤突变负荷;x为目标肿瘤突变负荷;a和b为模型参数;用于计算目标肿瘤突变负荷的测序长度的范围为1.0‑2.6MB。 | ||
搜索关键词: | 突变 全基因组 肿瘤 负荷预测 目标肿瘤 预测模型 存储介质 待测样本 预测 计算目标 模型参数 目标区域 测序 式中 探针 样本 存储 | ||
【主权项】:
1.一种全基因组肿瘤突变负荷预测方法,其特征在于,包括以下步骤:存储用于预测待测样本的全基因组肿瘤突变负荷的预测模型;获取基于样本探针的突变负荷获得过程得到的目标区域的目标肿瘤突变负荷;预测所述待测样本的所述全基因组肿瘤突变负荷,其中,采用所述预测模型,基于获取的所述目标肿瘤突变负荷的输入,预测得到所述待测样本的所述全基因组肿瘤突变负荷,所述预测模型的公式为:y=ax+b,式中,y为预测得到的所述全基因组肿瘤突变负荷;x为所述目标肿瘤突变负荷;a和b为模型参数,a的取值范围为1.3‑4.0,b的取值范围为‑1.1‑2.0;用于计算所述目标肿瘤突变负荷的测序长度的范围为1.0‑2.6MB。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
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G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用