[发明专利]一种利用叶绿体全基因组精准鉴别铁皮石斛及其近缘极易混淆种的方法

摘要

本发明公开了一种利用叶绿体全基因组序列精准鉴别铁皮石斛及其近缘极易混淆种的方法，该方法包括以下步骤：DNA提取和测序；叶绿体基因组拼接；叶绿体全基因组序列比对和构树；结果判定。本发明的方法针对利用常规方法难以鉴别铁皮石斛及其近缘极易混淆种的问题，建立了一种基于叶绿体全基因组序列的种质鉴定方法，该方法也可为确立铁皮石斛及其近缘种的系统分类地位、追溯物种起源和进化历程提供数据支持和理论依据。利用此方法可对铁皮石斛及其近缘极易混淆种进行高效、精准地鉴别，同时此方法具有稳定性好、通用性强、可重复性好等特点。

主权项

1.一种基于叶绿体全基因组序列对铁皮石斛及其近缘极易混淆种进行种质鉴定的方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)DNA提取和测序分别取待检材料的叶片或茎尖及表皮，充分研磨，提取总DNA；将各个DNA样品分别进行高通量测序获取片段序列；(2)叶绿体基因组拼接将上述片段序列进行修整，以有参方法进行拼接，将修整过的片段序列匹配到参考基因组上，提取合议序列从而获得待检样品全叶绿体基因组序列；(3)叶绿体全基因组序列比对和构树将上述拼接获得的待检样品叶绿体基因组序列以及标准参照序列和用作外类群的叶绿体基因组序列，进行多序列比对，然后去除空缺和比对模糊区域序列构树；(4)结果判定构树完成后打开树文件，各待检样品分别与各自的标准参照序列聚为一支，且支持率大于50％，铁皮石斛及其近缘极易混淆种均得以成功鉴定。