[发明专利]一种基于长片段测序检测HIV耐药位点突变序列多样性的方法在审
| 申请号： | 201810767900.7 | 申请日： | 2018-07-12 |
| 公开（公告）号： | CN110714095A | 公开（公告）日： | 2020-01-21 |
| 发明（设计）人： | 王树伟;赵仕兰;肖云平 | 申请（专利权）人： | 上海欧易生物医学科技有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/70 | 分类号： | C12Q1/70;C12Q1/6806;C12Q1/6869;C12R1/93 |
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| 地址： | 201110 上海市闵行*** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于长片段测序检测HIV耐药位点突变序列多样性的方法，涉及核酸检测领域，方法包括HIV病毒RNA抽提，利用随机引物进行反转录形成cDNA，以cDNA为模板，根据HIV的耐药位点序列所设计的引物进行第一轮PCR扩增目的片段；以第一轮PCR产物为模板，用第二轮扩增引物进行第二轮扩增得到第二轮扩增产物；以第二轮的扩增产物为模板进行第三轮扩增获得扩增产物；对第三轮扩增产物进行纯化定量，等摩尔量混合后进行三代测序文库构建并上机测序；对所得数据进行分析得到每个样本中所包含的序列信息。本发明可以高通量长读长完成多样本中混合的多分子的序列检测，提高了HIV的耐药位点的检测效果、效率及准确性。 | ||
| 搜索关键词： | 扩增产物 扩增 样本 核酸检测领域 序列多样性 测序检测 测序文库 等摩尔量 扩增引物 目的片段 随机引物 位点突变 位点序列 序列检测 序列信息 长片段 反转录 高通量 测序 构建 上机 位点 引物 检测 分析 | ||
【主权项】：
1.一种基于长片段测序检测HIV耐药位点突变序列多样性的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：/n(1)根据HIV耐药位点序列设计第一轮扩增引物，在第一轮引物加一段通用碱基序列作为第二轮扩增引物，第三轮扩增引物包括第二轮引物的通用碱基序列的一部分、若干个碱基的样本标记序列及若干个保护碱基，并合成三轮扩增引物；/n(2)抽提HIV病毒的RNA，并用随机引物进行反转录形成cDNA；/n(3)用步骤(1)合成的第一轮扩增引物，对步骤(2)形成的cDNA进行HIV耐药位点的扩增，产生第一轮扩增产物；/n(4)用步骤(1)合成的第二轮扩增引物，对步骤(3)所产生的PCR产物进行第二轮扩增，获得第二轮PCR产物；/n(5)用步骤(1)合成的第三轮扩增引物，对步骤(4)所产生的PCR产物进行第三轮扩增，获得第三轮PCR产物；/n(6)对步骤(5)所获得的PCR产物进行纯化定量，并等摩尔量混合；/n(7)对步骤(6)所得混合产物进行长片段文库构建；/n(8)对步骤(7)所产生的文库利用PacBio机器测序，产生数据；/n(9)对步骤(8)所产生的数据进行数据分析，得到目的信息。/n
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