[发明专利]一种使用三支概念判断物种间系统发育的方法

摘要

本发明涉及一种使用三支概念判断物种间系统发育的方法，包括以下步骤：（一）对原始生物信息系统(U,V,R)进行处理，以得到生物信息系统(U3,V3,R3)；（二）对处理后的生物信息系统(U3,V3,R3)进行三支概念的提取；（三）对于所得到的三支概念，利用三支概念格理论分析每一三支概念，确定物种间是否具有亲缘关系，以及物种间具有亲缘关系的支持度。本发明是一种基于新形式概念格理论——三支概念格理论对物种亲缘关系进行分析的方法，本发明将三支概念引入物种亲缘关系的分析上，不仅可剖析物种间具有亲缘关系、不具有亲缘关系，而且还可剖析物种间部分具有亲缘关系，进一步细化了亲缘关系分析理论，帮助研究者更深层次地了解物种亲缘关系。

主权项

1.一种使用三支概念判断物种间系统发育的方法，其特征是，包括以下步骤：(一)对原始生物信息系统(U,V,R)进行处理，以得到生物信息系统(U3,V3,R3)，其处理方式是：1‑1、针对原始生物信息系统(U,V,R)，对每一个物种xi∈U，先计算此物种的生物序列所含第j个碱基对的个数tij(i＝1,2,…,m；j＝1,2,…,16)；再计算第j个碱基对占此物种的生物序列长度的百分比pij，其中m＝|U|；当对m个物种全部计算完成后，得到矩阵Rm×16＝(pij)m×16；1‑2、由矩阵R_m×16＝(p_ij)_m×16，依据和计算第i个物种与第j个物种之间的亲缘关系相近程度r_ij，得到矩阵1‑3、对矩阵按照模糊等价矩阵聚类方法进行计算，可得集合S＝{s₁,s₂,…,s_v}，进而通过计算F统计量值，在集合S中找到最优值s₀，其中v为集合S中元素的个数；1‑4、利用步骤1‑3中的最优值s0，得到集合：其中，称为第j个部分物种集合，m_j为第j个部分物种集合所含元素的个数；对于每一部分物种集合，将其共同不拥有的生物性状进行删除，得到集合D_j，据此得到约简后的生物性状集进而获得生物信息系统(U₁,V₁,R₁)；1‑5、在生物信息系统(U1,V1,R1)中筛选出与研究目的有关的物种，组成物种集合U2，取V2＝V1，R2定义为：xR2y，当且仅xR1y(对于任何x∈U2，y∈V2)，可得到生物信息系统(U2,V2,R2)；1‑6、对于步骤1‑5中得到的生物信息系统(U2,V2,R2)，先将U2中的任意两个物种组合在一起，得到U3＝{z|z＝(α,β)，其中α，β∈U2,α≠β}；再取V3＝V2，R3定义为：任取z＝(α,β)∈U3以及y∈V3,zR3y当且仅当αR2y且βR2y；由此得到生物信息系统(U3,V3,R3)；(二)对处理后的生物信息系统(U3,V3,R3)进行三支概念的提取，其具体方式是：2‑1、对步骤1‑6中得到的生物信息系统(U3,V3,R3)进行净化处理，得到净化后的生物信息系统(U4,V4,R4)；2‑2、对净化后的生物信息系统(U4,V4,R4)进行三支概念的生成，得到生物信息系统的三支概念(Xp,(Q,D))；(三)对得到的三支概念(Xp,(Q,D))进行分析计算，以利用三支概念格理论来判断物种的亲缘关系。