[发明专利]一种检测分析幽门螺旋杆菌的毒性及致病性的方法

摘要

本发明公开一种检测分析幽门螺旋杆菌的毒性及致病性的方法，包括：对幽门螺旋杆菌目标菌株进行DNA提取和全基因组序列检测，根据全基因组序列检测的结果进行全基因组测序数据数据分析和致病相关基因特异性分析；1)对所述致病相关基因进行分型分类；2)根据全基因组序列检测的结果统计致病相关基因的reads数；3)将重要分型基因分别统计比对到各自参考序列的百分比；4)对重要分型基因进行分型判定，对其他致病相关基因进行功能完整度判定；5)根据上述判定结果，对重要分型基因和其他致病相关基因判断其毒性、功能完整性及功能意义解读。本发明对深入理解Hp致病机制及指导Hp感染患者个性化治疗，对临床研究和教学都有非常重大的意义。

主权项

1.一种检测分析幽门螺旋杆菌的毒性及致病性的方法，其特征在于，对幽门螺旋杆菌目标菌株进行DNA提取和全基因组序列检测，根据全基因组序列检测的结果进行全基因组测序数据数据分析和致病相关基因特异性分析；分析方法包括以下步骤：1)对所述致病相关基因进行分型分类；所述致病相关基因分为重要分型基因和其他致病相关基因；所述重要分型基因包括毒性相关基因A、空泡细胞毒素A基因、膜外炎症蛋白A基因和粘附相关脂蛋白AB基因；其中，毒性相关基因A分为CagA西方型和CagA东方型，空泡细胞毒素A基因分为s1/m1型、s1/m2型、s2/m1型、s2/m2型，膜外炎症蛋白A基因分为ON型和OFF型，粘附相关脂蛋白AB基因分为AlpAB东方型和AlpAB西方型；所述其他致病相关基因包括IV型分泌系统基因、其他毒性基因致病岛上的基因、空泡蛋白VacB基因、膜外蛋白家族基因、尿素酶家族基因、鞭毛蛋白家族基因、胶原蛋白酶基因、十二指肠溃疡诱导基因、表皮接触诱导基因和ADP‑庚糖合成酶基因；2)根据全基因组序列检测的结果统计致病相关基因的reads数；3)将重要分型基因分别统计比对到各自参考序列的百分比；其中，毒性相关基因A分别统计比对到参考序列cagA阳性西方型、cagA阳性东方型和cagA阴性的reads的百分比；空泡细胞毒素A基因分别统计比对到参考序列s1/m1、s1/m2、s2/m1、s2/m2的reads的百分比；膜外炎症蛋白A基因分别统计比对到参考序列ON型、OFF型的reads的百分比；粘附相关脂蛋白AB基因分别统计比对到参考序列AlpAB西方型、AlpAB东方型的reads的百分比；4)对重要分型基因进行分型判定，对其他致病相关基因进行功能完整度判定，判定依据如下：a.“+”表示阳性，“‑”表示阴性，即不存在；b.CagA的毒性：东方型>西方型>–；VacA的毒性：s1/m1>s1/m2>s2/m1>s2/m2(‑)；OipA的诱导炎症功能：ON>OFF；AlpAB的诱导炎症功能：AlpAB东方型＞AlpAB西方型；东方型或S1/M1或ON占比≥60％时功能判定为毒性强或诱导炎症，东方型或S1/M1或ON占比介于10％～60％之间时功能判定为毒性中等或部分诱导炎症，东方型或S1/M1或ON占比≤10％时功能判定为毒性弱或不诱导炎症；c.其他致病相关基因中Reads数≥10的基因的判定为“+”，Reads数＜10的基因的判定为“‑”；5)根据上述判定结果，对重要分型基因判断其毒性及功能意义解读，对其他致病相关基因判断其功能完整性及功能意义解读。