[发明专利]Sanger法测序中确定单核苷酸多态性的方法

摘要

本发明提供一种Sanger法测序中确定单核苷酸多态性的方法，所述方法包括将来源于同一个待测序列的所述高质量的碱基序列文件通过构建kmer哈希表，以kmer序列为哈希表的键，以kmer序列在整条序列中出现的次数为该键所对应的值，使用kmer值进行所述高质量碱基序列拼接组装。本发明的Sanger法测序中确定单核苷酸多态性的方法可以实现全分析流程自动化，只需设置好相关参数，中间无需人工参与，直接输出结果文件。

主权项

1.Sanger法测序中确定单核苷酸多态性的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：步骤1：根据每个待测序列的长度，设计N对引物进行PCR扩增，N为不小于2的整数，N对引物能够完全覆盖待测序列；步骤2：对每个待测序列的扩增产物进行Sanger法测序，每个待测序列生成2N个Sanger测序abi文件，每个待测序列的abi文件进行命名，以便于根据该命名来识别来源于同一个待测序列；步骤3：将所述Sanger测序abi文件转化成文本格式文件，并对碱基信号值做归一化处理；步骤4：通过滑窗方法删除低于预设碱基质量值的序列，同步删除低于预设碱基质量值的序列区域所对应的碱基质量值，获得高质量碱基序列及相应的碱基质量值；步骤5：将来源于同一个待测序列的所述高质量的碱基序列文件通过构建kmer哈希表，以kmer序列为哈希表的键，以kmer序列在整条序列中出现的次数为该键所对应的值，使用kmer值进行所述高质量碱基序列拼接组装；和步骤6：基于步骤4得到的高质量碱基序列及相应的碱基质量值，获得每个碱基位点的次最大碱基信号值和最大碱基信号值的比值，当该值大于预设值时，评估每条拼接组装后的序列的多态性位点，然后储存并输出每条待测序列的多态性位点信息。