[发明专利]用于胃癌预后预测的评估基因群的确定方法在审
| 申请号： | 201910550753.2 | 申请日： | 2019-06-24 |
| 公开（公告）号： | CN110229902A | 公开（公告）日： | 2019-09-13 |
| 发明（设计）人： | 施巍炜;牟硕;王凯;柳文进;赵松辉 | 申请（专利权）人： | 至本医疗科技（上海）有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6886 | 分类号： | C12Q1/6886 |
| 代理公司： | 上海百一领御专利代理事务所(普通合伙) 31243 | 代理人： | 王奎宇;马菁平 |
| 地址： | 201200 上海市浦东新*** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明提供了一种用于胃癌预后预测的评估基因群的确定方法，其特征在于：基于调控RhoA蛋白活性的RhoA蛋白活性调控通路中包括的基因筛选得到含有多个基因的评估基因群，具体包括以下步骤：步骤1，将RhoA基因调控通路中包括的基因作为备选目标基因集合；步骤2，基于用于筛选的每个胃癌样本的备选目标基因集合中各个基因的表达数据以及RhoA基因的表达数据，按预定确定规则确定待定评估基因群；步骤3，基于包括多个胃癌验证样本的胃癌验证样本群根据预定限定方法确定各个胃癌验证样本得到的胃癌预后为良好的所有预后良好样本和所有胃癌预后为不好的预后不好样本的cox生存分析，确定待定评估基因群是否为能够用于胃癌预后的评估的评估基因群。 | ||
| 搜索关键词： | 胃癌 基因群 预后 评估 样本 备选目标 表达数据 基因集合 预后预测 验证 蛋白活性调控 蛋白活性 调控通路 多个基因 规则确定 基因筛选 基因 样本群 筛选 调控 分析 | ||
【主权项】：
1.一种用于胃癌预后预测的评估基因群的确定方法，其特征在于：基于调控RhoA蛋白活性的RhoA蛋白活性调控通路中包括的基因筛选得到含有多个基因的所述评估基因群，具体包括以下步骤：步骤1，将RhoA基因调控通路中包括的所述基因作为备选目标基因集合；步骤2，基于用于筛选的每个胃癌样本的所述备选目标基因集合中各个基因的表达数据以及RhoA基因的表达数据，按预定确定规则确定待定评估基因群；步骤3，基于包括多个胃癌验证样本的胃癌验证样本群根据预定限定方法确定各个所述胃癌验证样本得到的胃癌预后为良好的所有预后良好样本和所有胃癌预后为不好的预后不好样本的cox生存分析，确定所述待定评估基因群是否为能够用于所述胃癌预后的评估的所述评估基因群，其中，步骤2中，所述预定确定规则为：基于所有所述胃癌样本的RhoA基因的表达数据确定RhoA基因表达量的中位值；基于所述中位值，将所有所述胃癌样本确定为RhoA的高表达组和RhoA的低表达组；基于各个所述胃癌样本的所述备选目标基因集合中各个基因的的表达数据，分别将备选目标基因集合中的每个基因通过所述高表达组中的各个所述胃癌样本得到的该基因的表达数据集合，与该基因通过所述低表达组中的各个所述胃癌样本得到的该基因的表达数据集合做表达差异显著性分析；将备选目标基因集合中表达差异显著性分析结果为显著的所有所述基因加上RhoA基因确定为所述待定评估基因群。
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