[发明专利]一种基于转录组学结合蛋白组学TMT研究莲花斑形成分析方法在审
| 申请号： | 201910625479.0 | 申请日： | 2019-07-11 |
| 公开（公告）号： | CN110331225A | 公开（公告）日： | 2019-10-15 |
| 发明（设计）人： | 李林宝;赵凯歌;张国禹;黄桂云;吴笛;吴锦华;杨兰芳;马晓波;陈会员;镇巧玲;邱利文;张海波;张俊;胡梅香;张定军;汪磊;望雄英;李翩翩 | 申请（专利权）人： | 中国长江三峡集团有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;G01N33/68;G16B20/00;G16B30/00;G16B40/00 |
| 代理公司： | 宜昌市三峡专利事务所 42103 | 代理人： | 王玉芳 |
| 地址： | 100038 *** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种基于转录组学结合蛋白组学TMT研究莲花斑形成分析方法，提供了揭示植物花斑形成的分子机理的一种新方法。收集莲“大洒锦”花瓣的样品，经过转录组Illumina HiSeq测序，筛选花青素代谢通路上表达差异基因，同时提取样品中的蛋白，测定蛋白质的浓度，质量检测，通过TMT标签标记，2D‑LC‑MS分析，结合蛋白组学进行生物信息学分析，筛选到调控花青素代谢通路上表达水平差异的蛋白，将转录组中的差异的基因关联到蛋白组中，筛选到调控莲“大洒锦”花斑的关键蛋白以及对应的基因，从而达到了解这些蛋白质和基因是如何调节莲“大洒锦”花斑的形成，为其它植物花斑形成的机理提供新思路新方法。 | ||
| 搜索关键词： | 转录组 花斑 结合蛋白组 基因 花青素 筛选 蛋白质 代谢 蛋白 莲花 生物信息学分析 标签标记 表达差异 表达水平 分子机理 关键蛋白 质量检测 蛋白组 调控 测序 花瓣 分析 关联 研究 | ||
【主权项】：
1.一种基于转录组学结合蛋白组学TMT研究莲花斑形成分析方法，其特征在于，所述方法包括以下：(1)转录组Illumina HiSeq测序：提取莲“大洒锦”花瓣总RNA，进行Total RNA样品检测，构建全转录组文库，文库构建完成后，先使用Qubit2.0进行初步定量，稀释文库至1ng/ul，随后使用Agilent 2100对文库的插入片段长度进行检测，insert size符合预期后，使用Q‑PCR方法对文库的有效浓度进行准确定量，库检合格后，进行HiSeq测序；(2)蛋白组学TMT分析：采用酚抽提法提取蛋白，测定样品浓度，通过SDS‑PAGE电泳检测样品，蛋白还原烷基化及酶解，进行TMT试剂蛋白标记及质谱检测，随后2D‑LC‑MSMS分析，完成样品中蛋白定性和定量；(3)生物信息学分析：分别对转录组测序和蛋白组学TMT数据进行数据分析，以及关联分析，筛选莲“大洒锦”花斑形成的相关关键的调控蛋白和对应的基因。
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