[发明专利]一种用于鉴定样品中幽门螺杆菌的细菌分型和耐药类型的二代测序建库方法在审
| 申请号： | 201910751812.2 | 申请日： | 2019-08-15 |
| 公开（公告）号： | CN110453000A | 公开（公告）日： | 2019-11-15 |
| 发明（设计）人： | 覃俊杰 | 申请（专利权）人： | 深圳谱元科技有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/689 | 分类号： | C12Q1/689;C12Q1/6806;C40B50/06 |
| 代理公司： | 44242 深圳市精英专利事务所 | 代理人： | 李翔宇<国际申请>=<国际公布>=<进入 |
| 地址： | 518000广东省深圳市福田区福保*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种用于鉴定样品中幽门螺杆菌的细菌分型和耐药类型的二代测序建库方法，包括步骤S1，引物的设计和筛选，根据待测靶基因设计特异性引物；步骤S2，合成通用引物对；步骤S3，合成过渡性引物对；步骤S4，合成建库引物对；步骤S5，基因组的提取；步骤S6，在PCR扩增体系中加入所有的特异性引物对进行第一轮的多重扩增，回收产物并稀释，作为下一轮多重扩增的模板；步骤S7，在PCR扩增体系中加入通用引物对和所有的过渡性引物对进行第二轮的多重扩增，回收产物并稀释，作为下一轮多重扩增的模板；步骤S8，在PCR扩增体系中加入建库引物对进行第三轮的建库扩增，回收产物，获得制备完毕的文库；步骤S9，NGS靶基因测序；步骤S10，NGS分析。 | ||
| 搜索关键词： | 引物 多重扩增 建库 回收产物 特异性引物 通用引物对 合成 靶基因 测序 稀释 设计和筛选 幽门螺杆菌 细菌分型 基因组 扩增 制备 文库 分析 | ||
【主权项】：
1.一种用于鉴定样品中幽门螺杆菌的细菌分型和耐药类型的二代测序建库方法，其特征在于，包括：/n步骤S1，引物的设计和筛选，根据待测靶基因设计特异性引物；/n步骤S2，合成通用引物对，所述通用引物对用于多重扩增体系中；/n步骤S3，合成过渡性引物对，所述过渡性引物对包括通用引物序列与待测靶基因引物序列；/n步骤S4，合成建库引物对，所述建库引物对包括Barcode测序引物序列与通用引物序列；/n步骤S5，基因组的提取，提取样品中的细菌基因组；/n步骤S6，第一次PCR处理，在PCR扩增体系中加入所有的特异性引物对进行第一轮的多重扩增，回收产物并稀释，作为下一轮多重扩增的模板；/n步骤S7，第二次PCR处理，在PCR扩增体系中加入通用引物对和所有的过渡性引物对进行第二轮的多重扩增，回收产物并稀释，作为下一轮多重扩增的模板；/n步骤S8，第三次PCR处理，在PCR扩增体系中加入建库引物对进行第三轮的建库扩增，回收产物，获得制备完毕的文库；其中，每份需执行建库扩增的样品对应一组含不同Barcode信息的建库引物；/n步骤S9，NGS靶基因测序，使用测序SOP对扩增子制备文库进行测序；/n步骤S10，NGS分析，对样品中的靶基因序列进行分析。/n
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