[发明专利]基于SSRseq分子标记的大蒜种质资源分类方法

摘要

本发明公开了一种基于SSRseq分子标记的大蒜种质资源分类方法，具体包括以下过程：S1，利用大蒜种质资源培育大蒜种苗，采集幼嫩叶片置于自封袋中，抽干后封口置于4℃冷藏；S2，使用CTAB法提取大蒜叶片的基因组DNA，检测DNA的质量；S3，合成SSR引物，从合成的引物中筛选出具有多态性的引物；S4，使用筛选的引物对大蒜叶片的DNA进行PCR扩增，获得SSR位点的DNA富集片段；S5，在DNA富集片段上添加特异性标签序列，对其进行测序；S6，根据检测结果对大蒜种质资源进行分类；本发明基于SSRseq分子标记对大蒜种质资源进行分类，分类结果准确、可靠性高，且分类过程简单、易操作。

主权项

1.基于SSRseq分子标记的大蒜种质资源分类方法，其特征在于，包括以下过程：/nS1，利用大蒜种质资源培育大蒜种苗，待种苗长出4片叶时，采取幼嫩叶片置于自封袋中，使用冷冻抽干机抽干后封口置于4℃冷藏；/nS2，使用改良的CTAB法提取大蒜叶片中的基因组DNA，并用Bio Spec-nano核酸微量分光光度计和琼脂糖凝胶电泳检测DNA的质量；/nS3，合成SSR引物，根据PCR扩增对SSR引物的结构要求对SSR引物进行初级筛选，使用8％聚丙烯凝胶电泳对SSR引物进行复筛，筛选出具有多态性的24对引物；/n按照以下结构标准对SSR引物进行初筛：(1)重复单元不少于3bp；(2)重复单元的重复数不超过10个；(3)重复单元不完全由AT或GC组成；(4)目标SSR位点周围不存在其他的SSR位点；/nS4，使用筛选的SSR引物对大蒜叶片的基因组DNA进行PCR扩增，质控后将用相同基因组模块获得的扩增产物混合得到SSR位点的DNA富集片段，其中每个SSR位点扩增产物的量相同；/nS5，在DNA富集片段上添加特异性标签序列，定量后使用Ilumina Hiseq/Miseq平台，以2×150/2×250bp的双端模式上机测序；/nS6，将测序结果输入Popgene32计算得到等位基因数Na、有效等位基因数Ne、Shannon’s信息指数I、观测杂合度Ho、期望杂合度He、Nei’s基因多样性指数H，使用R包polysat进行遗传距离计算和主成分分析，分别使用R包phangorn中的UPGMA方法和ggtree进行进化树的构建和绘制，利用Structure V2.3.4软件分析大蒜种质资源的群体遗传结构，根据主成分分析、进化树或遗传结构对大蒜种质资源进行分类。/n